جدول تعیین درصد ژل آکریل آمید و آگاروز برحسب جرم مولکولها

درصد آکريل آميد مناسب براي جداسازي پروتئين هايي با جرم هاي مولکولي متفاوت

از ژل 12.5 درصد به بالا مولکول هایی که جرم آن بالاتر است در ژل حرکت و معنای چندانی ندارد . مثلا در ژل 12.5 درصد ماکزیمم جداسازی 100 می باشد , پس مولکول هایی که جرم آنها بزرگتر از 100 است , در ژل حرکت چندانی ندارند .

درصد آگاروز مناسب براي جداسازي DNA

پلیمریزاسیون ژل آکریل آمید در الکتروفورز

پلیمریزاسیون ژل :

یک رادیکال آزاد که به عنوان یک آغازگر , پلیمریزاسیون ژل آکریل آمید را سبب می شود , از یکی از این دو راه تولید می شود . پروکسید یا روش فوتوشیمی . عمومی ترین روش استفاده از آمونیوم پرسولفات به عنوان یک پروکسید آغازگر است . و از TEMED به عنوان یک تسریع کننده یا (کاتالیزور) استفاده می شود .

برای پلیمریزاسیون به روش فوتوشیمی از ریبوفلاوین riboflavin  و اشعه UV به عنوان آغازگر استفاده می شود و از TEMED به عنوان یک کاتالیزور استفاده می شود . به محلول ژل اشعه ماوراء بنفش تابانده می شود . یک لامپ فلورسنت واکنش فوتوشیمی را آغاز خواهد کرد .

پلیمریزاسیون به روش فوتوشیمی در مواقعی که باید قدرت یونی در ژل پایین باشد , مورد استفاده قرار می گیرد . زیرا در این روش فقط یک مقدار بسیار جزئی از ریبوفلاوین لازم است . همچنین در مواقعی که پروتئین در مقابل آمونیوم پرسولفات خیلی حساس است یا به وسیله پروکسید وارد پلیمریزاسیون می شود , از این روش استفاده می گردد .

پلیمریزاسیون آکریل آمید یک واکنش گرمازاست . پلیمریزاسیون سریع گرمای زیادی تولید می کند . این امر انتقال برق را در ساختمان ژل ناهمگون می نماید و گاهی باعث شکسته شدن شیشه آن می شود . این مشکل به طور ویژه در ژلهایی با غلظت بالا (>T 20% ) دیده می شود . برای جلوگیری از گرمای زیاد باید غلظت آغازگر – کاتالیزور را طوری تنظیم کرد , که پلیمریزاسیون در مدت 20-60min کامل شود .

ایمنی در انجام الکتروفورز با ژل اکریل آمید

محافظت شخصی و تجهیزات مورد نیاز :
کاور کفش
استفاده از ماسک در هنگام وزن کردن SDS
استفاده از دستکش در حین انجام کار
استفاده از محافظ چشم

قبل از شروع کار :
افراد باید آموزشهای مورد نیاز به ویژه مستندسازی را تعلیم دیده باشند .
مراجعه به MSDS برای هر یک از مواد شیمیایی .
فقط از محلول Acrylamide تجاری استفاده شود (محلول توسط افراد ساخته نشود).
مطالعه و فهمیدن کل پروسه

خطرات :
مواد شیمیایی خطرناک
شوک الکتریکی (منبع تغذیه الکتروفورز)
جراحت و پارگی
صدمه به چشم

محلول های مورد نیاز :Acrylamide solution
Tris buffers
SDS solution
Ammonium Persulphate
TEMED
Sample buffer

خطرات هر ماده شیمیایی در MSDS آن ماده ذکر شده است . اساسا ، دستکش باید در سراسر طول آزمایش استفاده شود . اگر دستکشها با یکی از مواد شیمیایی آلوده شدند ، باید دستکش را تعویض و یا توسط آب شسته شوند . ضمنا باید موقع توزین مواد از ماسک استفاده کرد .

محلول ها :

Acrylamide :
محلول Acrylamide نباید از پودر آن تهیه شود . زیرا آن یک ماده نوروتوکسین (سمی که بر اعصاب تأثیر می گذارد) و خطرناک است . لذا باید از محلول هایی که به صورت تجاری ساخته می شوند , استفاده کرد .

بافر trīs :بافر trīs هیچ خطر قابل توجهی ندارد. با این وجود ، برای تنظیم PH باید از اسیدهای قوی و بازهای قوی استفاده کرد . از دستکش و محفاظ چشم استفاده شود و SOP استفاده از PH متر خوانده شود .

تجهیزات :در الکتروفورز از منبع الکتریسیته استفاده می شود که کشنده و خطرناک است . لذا دقت شود که رابطهای برق در جای خود محکم شده باشند و مایعات در اطراف منبع تغذیه ریخته نشده باشد . همچنین قبل از اتصال تانک به منبع تغذیه سرپوش دستگاه نصب شود .

تشخیص خطر: متوسط
شماره تشخیص خطر: SS12

تیم تهیه کننده : Dr. Tim Chataway, Angela Binns

تاریخ تهیه : 25/2/07