راهنمایی های کلی در آماده سازی نمونه برای الکتروفورز 2 بعدی

روش آماده سازی نمونه علاوه بر کارآمد بودن ، باید تکرار پذیری نیز داشته باشد . این نکته بسیار مهم است . در نمونه سازی ممکن است از مواد زیادی مانند دترجنت ها ، عوامل کائوتروپیک و عوامل احیا کننده استفاده شود . در هر حال بهینه کردن روش آماده سازی نمونه به صورت تجربی صورت می پذیرد . اما موارد زیر را می توان در نظر داشت .

1- به حداقل رساندن مراحل آماده سازی نمونه :
افزایش مراحل آماده سازی نمونه اگر چه در مواردی موجب بهبود کیفیت نمونه می گردد ، اما اکثرا موجب هدر رفتن وقت و مواد و نیز از دست رفتن پروتئین ها می گردد .

2- ممانعت از توده ای شدن پروتئین ها
پروتئین ها به هیچ وجه در نمونه و یا در مراحل بعد از الکتروفورز ، نباید رسوب و یا حلالیت آنها از بین برود .

3- خارج کردن اسیدهای نوکلوئیک و دیگر مولکولهای تداخل کننده
مانند نمک ها و چربی ها و قند ها

4- حذف موادی که می توانند تولید ذره نمایند
این مواد ( لیپیدها و مواد جامد ) باید از محیط نمونه خارج گردند .

5- محلول سازی تمام انواع پروتئین ها ( چه آبگریز و چه آبدوست )
باید تمام انواع پروتئین ها در محلول به صورت آزاد باشند ، یعنی تمام پیوند های غیر کووالان در کمپلکس ها و توده های پروتئینی از بین برود .

6- به حداقل رساندن تغییرات پروتئینی در نمونه
مانند اثر آنزیم ها و اثر گرما

7- حذف پروتئین هایی که فراوانی زیادی در نمونه دارند
این پروتئین ها ، دیگر پروتئین های نمونه را تحت پوشش می دهند.