پروتئومیکس

پذیرش مقالات و تماس با ما

2012-08-01T00:06:00.036+04:30

این وبلاگ شما را در رابطه با طرحهای تخلیص پروتئین یاری خواهد کرد .

مواردی چون آموزش ؛ مشاوره و مشارکت در طرحهای تحقیقی و

تولیدی و پایان نامه های دانشجویی

(وابسته به مؤسسه تحقیقات واکسن وسرم سازی رازی ، کرج)

متآسفانه در اکثر سایتها و وبلاگها فقط به کلیات اشاره شده است و اکثرا کپی برداری بوده و هیچ اثری از عملیاتی شدن کارها به چشم نمی خورد . ما بر آنیم که در این سایت شما را با روشهای جداسازی پروتئین آشنا کنیم . روشهایی همچون انواع اندازه گیری پروتئین ها , انواع کروماتوگرافی , انواع الکتروفورز و روشهای تخلیص پروتئین . ما در آموزش حداکثر توان خود را به کار خواهیم بست . آموزش های خود را در قالب SOP خواهیم داد .البته این آموزشها برای کسانی سودمند خواهد بود که رشته تحصیلی آنها مرتبط باشد . زیرا انجام یک پروسه تخلیص , علم و تجربه آن را خواهد طلبید . گمان نشود که با اندکی اطلاعات بتوان یک پروسه تخلیص را به پیش برد . ما در پروسه های تخلیص پروتئین با بیش از 7 سال تجربه و مشارکت با شرکت ها و مؤسسه های مختلف و با کوله باری از تجربه کنار شما خواهیم بود و در امر آموزش , مشاوره و شرکت در طرحهای تحقیقاتی و تولیدی و پایان نامه های دانشجویی شما را یاری خواهیم نمود .

ما بر آنیم که این سایت را منبعی از اطلاعات به روزگردانیم , تا کاربران بتوانند از اطلاعات و مقالات آن استفاده نمایند .

همچنین از مقالات جدید شما دوستان فرهیخته و دانشجویان گرامی پس از بررسی مطالب آن , با ذکر نام فرد و یا گروه , با حفظ حقوق مادی و معنوی آن , استفاده خواهیم کرد و بهترین مقالات و مطالب علمی را معرفی خواهیم نمود.

شماره ۰۹۱۲۵۶۷۱۰۴۳ جهت مشاوره با ما

همچنین در این بخش می توانید نظرات و مشکلات و مقالات خود را ارسال نمایید .

در ضمن پیشاپیش از کمک و همراهی شما عزیزان در رابطه با هر چه بهتر شدن مطالب این وبلاگ تشکر می نماییم .

آدرس جدید وبلاگ

2010-11-09T12:14:00.001+03:30

به خاطر اشکالاتی که در این وبلاگ ، که از سرور بلاگر استفاده می کند ، پیش آمده است و همچنین (فی لتر) عکسها توسط کشور عزیزمان و عدم پاسخگویی ایشان به اینجانب ، بنده تصمیم گرفتم که آدرس را عوض کنم و از سرور دیگری استفاده کنم. متأسفانه بعضی از سایتهای علمی نیز درگیر با (فی لترینگ) اتوماتیک می شوند و وبلاگ ما هم در قسمت عکس ها دچار این مشکل شده است و تمام جدول ها و اطلاعاتی که به صورت تصویر است ، دچار این مشکل می باشد .

بدیهی است انتقال تمام مطالب این وبلاگ ، به وبلاگ دیگر کمی وقتگیر است . همچنین در این وبلاگ ، دوستان سئوالاتی مطرح کرده اند ، که همراه با جواب آنها ، به وبلاگ دیگر انتقال می دهم . مطمئن هستم که خواندن آنها مفید واقع خواهد شد.

آدرس وبلاگ جدید : http://proteomicsiran.loxblog.ir

با تشکر

با سلام مجدد به دوستانی که ما را همراهی می کنند

2010-09-25T10:57:00.001+03:30

به خاطر مشکلات اخیر مجبورم که آدرس این وبلاگ را عوض کنم و به جای آن یک وبسایت دیگر راه اندازی کنم.اما این دفعه با امکانات بیشتر . البته این کار کمی طول خواهد کشید . اما همین که وبسایت جدید را راه اندازی کردیم به شما دوستان اطلاع خواهم داد . تا آن وقت ، در همین جا مثل گذشته به سئوالات شما عزیزان پاسخ خواهم داد.در ضمن پیشنهاد می کنم که به قسمت نظرات سری بزنید و از سئوالاتی که دوستان پرسیده اند و جواب آنها استفاده نمایید ، چون ممکن است این سئوالات راه گشا بوده و یا در ذهن شما باشد .
نظرات

فیلتر اشتباهی عکس های این وبلاگ

2010-08-28T14:03:00.003+04:30

با سلام

کاربران گرامی:

چندی است که عکس های موجود در وبلاگ نشان داده نمی شود . به صورتی که اگر بر روی عکس ها کلیک نمایید به صفحه ای که مربوط به سایت های فیلتر شده است می رود . این ایراد مربوط به فیلترینگ اشتباه می باشد . بنده در تلاش بودم که این اشتباه را بر طرف نمایم . اما در حال حاضر تلاش های بنده ثمری نداشته است . با کسانی که مسئول فیلترنگ هستند ، تماس گرفته ام .امید وار هستم که مشکل مرتفع شود . به هر حال به خاطر بروز این مشکل عذر می خواهم .

با تشکر

تغییرات جدید در وبلاگ

2010-08-11T15:53:00.000+04:30

به نام خدا

بعد از این تغییراتی در وبلاگ لحاظ خواهد شد ، که عباتند از
1- نام وبلاگ به زودی پروتئومیکس و بیوشیمی خواهد شد
2- سعی خواهم کرد از مقالات نویی که حاصل تلاش محققین این مرز و بوم است استفاده نمایم .
پس ما را مانند قبل از نظرات خود مستفیض نمایید .

با سلام به کاربران عزیز

2010-06-23T08:11:00.001+04:30

با توجه به درگیری و مشغله بسیار زیاد ، تا چند وقت ، در مورد آپ کردن وبلاگ معذورم . اما سعی بر آن دارم که انشاء الله ، به سئوالات دوستان طبق روال گذشته ، در اسرع وقت پاسخ دهم .
با تشکر
مدیر وبلاگ

محلول سازی نمونه برای IEF

2010-06-07T14:42:00.000+04:30

انتخاب راهکار برای محلول سازی پروتئین های موجود در نمونه ، به ماهیت نمونه بستگی دارد . در صورتیکه نمونه از بافتهای سلولی یا بافتی استخراج شده باشد ، اولین گام لیز کردن سلولها و خارج کردن محتوای پروتئینی آنهاست . روشهای شیمیایی و فیزیکی مختلفی برای لیز کردن و متلاشی کردن دیواره سلولها وجود دارد . روشهای ملایمی مانند شکستن دیواره سلولها توسط آنزیم هایی مانند لایزوزایم Lysozyme و یا روشهای خشنی مثل استفاده از پرس فرانسوی .
نمونه تهیه شده برای الکتروفورز 2 بعدی باید عاری از پیوندهای غیر کووالان باشد . یعنی پروتئین های نمونه به پلی پپتیدهای منفرد و محلول تبدیل شده باشند . و همینطور باید نمکها ، لیپیدها ، پلی ساکاریدها و اسیدهای نوکلوئیک را که در الکتروفورز 2 بعدی مزاحمت ایجاد می کنند حذف کرد . همچنین حلالیت نمونه در حین انجام الکتروفورز 2 بعدی نباید از بین رود .

ادامه دارد....

انواع نمونه برای الکتروفورز 2 بعدی

2010-05-12T09:26:00.004+04:30

به خاطر تفاوت در ماهیت و ساختار در انواع نمونه ها , روشهای آماده سازی برای نمونه هایی که از منابع مختلف به دست می آیند , با هم اختلاف دارند . در ذیل این مقاله ، این نمونه ها را به انواع مختلف تقسیم بندی کرده ، در مورد آن توضیح می دهیم .

1- نمونه های محلول :
نمونه های محلول و مایع نظیر ، سرم ، پلاسما ، مایع نخاعی و عصاره مایع سلولها و بافتها را می توان در اکثر موارد با کمترین تغییر و دستکاری ، توسط الکتروفورز 2 بعدی بررسی و مطالعه کرد .
نمونه هایی مانند سرم و پلاسما را که دارای غلظت بالایی از پروتئین ها هستند ؛ را می توان با رقیق سازی توسط بافرهای محلول کننده مناسب ، برای انجام تست الکتروفورز 2 بعدی آماده کرد . در این روش بالا بودن غلظت بعضی از پروتئین ها ، مثل آلبومین و یا ایمونوگلوبین ها ، می تواند باعث پوشاندن بعضی از پروتئین ها که غلظت کمی دارند گردد . با خارج کردن این پروتئین ها می توان این مشکل را از بین برد . اما با خارج کردن این پروتئین ها ممکن است ، بعضی دیگر از پروتئین ها نیز خارج گردد .

2 موضوع دیگر نیز ممکن است ، در الکتروفورز 2 بعدی ایجاد مشکل نماید .
1- وجود نمک های اضافی در محلول
2- غلظت کم پروتئین ها در محلول

مشکل اول را می توان با دیالیز نمونه و یا کروماتوگرافی با sephadex G25 حل کرد و نمک های اضافی را از نمونه خارج کرد . مشکل دوم را می توان با رسوب دادن پروتئین ها ، به وسیله موادی که باعث رسوب کردن آنها می شود ، حل کرد . موادی مثل ؛ آمونیوم سولفات ، TCA ، یا استن . همچنین می توان با خارج کردن آب از نمونه ، آن را غلیظ کرد . مثل دیالیز در مقابل پلی اتیلن گلایکول و یا لیوفیلیز کردن نمونه .
رسوب دادن نمونه با استن – TCA برای غیر فعال کردن پروتئاز ها و خارج کردن مولکولهای تداخل کننده و برای تغلیظ پروتئین های بسیار قلیایی ، مثل پروتئین های ریبوزومی ، در محلول لیز شده سلولی بسیار مفید می باشد .

2- نمونه های بافتی :
برای تهیه نمونه از بافت جامد , معمولا بافت را توسط بافر محلول کننده ، حل می کنند . بهترین روش استفاده از نیتروژن مایع است . نمونه های کوچک را که در یک فویل آلومینیومی قرار دارد و در نیتروژن مایع , یخ زده است ، را می توان به راحتی در یک هاون خرد کرد . نمونه های بزرگ را می توان با هموژنه کردن در بافر محلول کننده ، توسط هموژنایزر آماده کرد . برای اینکه بتوان از آسیب پذیری پروتئین ها در اثر حرارت جلوگیری کرد ، باید حرارت تولید شده توسط هموژنایزر را از محیط نمونه خارج کرد .
مشکل خاص در آنالیز نمونه های بافتی ، عدم وجود یک دستی در ماهیت بافت است . همانطور که می دانیم بافت ها از انواع مختلف سلول تشکیل شده است . حتی یک نوع سلول نیز ممکن است از اختلاط سلولهای سالم و ناسالم تشکیل شده باشد . روشهای مختلفی برای جداسازی و تفکیک این سلولها وجود دارد . با استفاده از گزینش مثبت یا منفی و معمولا بر اساس یک روش ایمونوافینیتی ، امکان غنی سازی یک سلول خاص از جمعیت کل آنها و کشت آن قبل از انجام تست وجود دارد . همچنین از روشهای میکروسکوپی مانند (Laser Capture microdessection LCM ) نیز می توان برای جداسازی آنها استفاده کرد .
البته روش LCM برای آنالیز اسیدهای نوکلئیک بهتر است ، چون در کنار آن از PCR برای تولید و تقویت اسیدهای نوکلئیک استفاده می شود ، اما در آنالیز پروتئین ها ، دستگاهی که کار PCR را انجام دهد و پروتئین ها را افزایش دهد ، وجود ندارد .

3- نمونه های سلولی :
نمونه هایی که در محیط آزمایشگاه به صورت سوسپانسیون رشد داده می شود و یا نمونه هایی مانند خون ، لنفوسیتها و غیره را سانتریفوژ کرده ، توسط PBS (بافر فسفات سالین) شستشو کرده و در بافر محلول کننده حل می نمایند .
سلول هایی که در محیط جامد کشت داده می شوند را ابتدا باید از محیط کشت جدا کرد . قبل از جدا کردن سلول ها بهتر است آنها را با یک بافر ایزوتونیک شستشو کرد . برای این منظور محلول ایزوتونیک سوکروز پیشنهاد می گردد . زیرا یونهای موجود در بافر PBS ممکن است در نتیجه الکتروفورز تأثیر منفی گذاشته و تداخل ایجاد نماید . در صورت استفاده از PBS می توان نمونه را قبل از انجام تست ، دیالیز کرد . پس از شستشو سلول ها را توسط لوپ یا اسکراپر برداشته و در بافر محلول کننده حل نمایید .
در صورتی که نمونه حاوی مقادیر زیادی اسید نوکلئیک باشد ، ویزکوزیته آن بالاست . در این مورد می توان از RNase و DNase استفاده کرد .

انجام تست الکتروفورز 2 بعدی

2010-05-03T14:15:00.001+04:30

بنا به درخواست عده ای از دوستان مبنی بر اینکه خواستار انجام تست الکتروفورز 2 بعدی شده بودند ، تصمیم بر این گرفته شد ، با شرایطی این کار انجام شود .
1- آماده سازی مقدماتی نمونه با خود ایشان باشد . (در صورت نیاز جهت آماده سازی نمونه مشاوره داده خواهد شد )
2- تهیه IPG (ژل IEF ) .

راهنمایی های کلی در آماده سازی نمونه برای الکتروفورز 2 بعدی

2010-04-29T12:22:00.003+04:30

روش آماده سازی نمونه علاوه بر کارآمد بودن ، باید تکرار پذیری نیز داشته باشد . این نکته بسیار مهم است . در نمونه سازی ممکن است از مواد زیادی مانند دترجنت ها ، عوامل کائوتروپیک و عوامل احیا کننده استفاده شود . در هر حال بهینه کردن روش آماده سازی نمونه به صورت تجربی صورت می پذیرد . اما موارد زیر را می توان در نظر داشت .

1- به حداقل رساندن مراحل آماده سازی نمونه :
افزایش مراحل آماده سازی نمونه اگر چه در مواردی موجب بهبود کیفیت نمونه می گردد ، اما اکثرا موجب هدر رفتن وقت و مواد و نیز از دست رفتن پروتئین ها می گردد .

2- ممانعت از توده ای شدن پروتئین ها
پروتئین ها به هیچ وجه در نمونه و یا در مراحل بعد از الکتروفورز ، نباید رسوب و یا حلالیت آنها از بین برود .

3- خارج کردن اسیدهای نوکلوئیک و دیگر مولکولهای تداخل کننده
مانند نمک ها و چربی ها و قند ها

4- حذف موادی که می توانند تولید ذره نمایند
این مواد ( لیپیدها و مواد جامد ) باید از محیط نمونه خارج گردند .

5- محلول سازی تمام انواع پروتئین ها ( چه آبگریز و چه آبدوست )
باید تمام انواع پروتئین ها در محلول به صورت آزاد باشند ، یعنی تمام پیوند های غیر کووالان در کمپلکس ها و توده های پروتئینی از بین برود .

6- به حداقل رساندن تغییرات پروتئینی در نمونه
مانند اثر آنزیم ها و اثر گرما

7- حذف پروتئین هایی که فراوانی زیادی در نمونه دارند
این پروتئین ها ، دیگر پروتئین های نمونه را تحت پوشش می دهند.

روشهای آماده سازی نمونه برای IEF (مقدمه)

2010-04-21T13:50:00.003+04:30

قدم اول در آماده سازی نمونه استخراج پروتئین ها از منبع مورد نظر است . ممکن است استخراج پروتئین ها مستقیما توسط بافر محلول سازی Solubilization Buffer صورت پذیرد . ممکن است این عمل توسط روش های متلاشی ساختن سلولها Cell disruption و بافتها انجام شود و سپس پروتئین های استخراج شده در بافر محلول سازی کاملا حل شوند . برای استخراج کامل پروتئین های داخل سلولی ، سلول باید کاملا متلاشی شود . انتخاب روش متلاشی سازی بستگی به این دارد که نمونه از چه منبع بیولوژیکی ، سلول ، بافت جامد و یا از منابع دیگری ، به دست آمده باشد . بعد از استخراج ، این نمونه ها باید برای انجام الکتروفورز دو بعدی آماده شوند . منظور از آماده سازی نمونه ، محلول ساختن حداکثر پروتئین های موجود و حفظ حلالیت آنها در حین روند الکتروفورز دو بعدی است .
هیچ روش منفردی را نمی توان بصورت عمومی برای آماده سازی نمونه هایی که توسط الکتروفورز دو بعدی مورد بررسی قرار می گیرند ، معرفی کرد . در واقع ماهیت متفاوت نمونه ها امکان به کار گیری روشی یکسان را در آماده ساختن آنها برای الکتروفورز دو بعدی منتفی می سازد . از طرفی دیگر ، روش بکار گرفته شده در هر تجربه ای به هدف طراحی شده نیز بستگی دارد . برای مثال ، ممکن است هدف از انجام الکتروفورز دو بعدی دستیابی به پروتئین هایی با ویژگی های خاص باشد ، یا ممکن است دستیابی به نقشه کامل پروتئینهای نمونه ، از اهمیت بیشتری برخوردار باشد . در هر یک از این موارد استراتژی های انتخابی کاملا با هم تفاوت دارند . در بهینه سازی استراتژی آماده سازی نمونه باید از نتایج مورد نظر ، انتظاری مشخص داشت . باید برای ما مشخص باشد که نشان دادن نمونه به طور کامل مهمتر است ، یا به دست آوردن یک الگوی تکرار پذیر .
اضافه کردن مراحل آماده سازی نمونه می تواند کیفیت نتیجه نهایی را بهتر کند ، اما این امر به قیمت از دست دادن گروهی از پروتئین ها تمام می شود . به هر حال ، این تناقض و نسبت معکوس بین کیفیت نمونه بهبود یافته و نمونه سازی کامل پروتئین ها باید کاملا در نظر گرفته شود .
در هر صورت ، خطوط راهنمای کلی ، برای آماده سازی نمونه وجود دارد که با پیگیری آنها می توان قدمهای نخست را در این راه به درستی برداشت و سپس با تجربه بهترین نمونه را بدست آورد .

IEF ( ایزو الکترو فوکوسینگ )

2010-03-14T10:55:00.003+03:30

برای اینکه بدانیم یک نمونه استخراج شده ، از چه تعداد پروتئین تشکیل شده است و بتوانیم پروتئین ها را مورد بررسی قرار دهیم ، از این روش استفاده می کنیم . در حقیقت با این روش نقشه پروتئینی یک نمونه را به دست می آوریم . همان گونه که می دانیم یک موجود زنده در شرایط متفاوت ، رفتار های متفاوتی را از خود نشان می دهد ، تا خود را با آن شرایط تطبیق دهد . مثلا تغییر در محیط کشت یک باکتری ، از نظر رژیم غذایی ، باعث ترشح آنزیم های متفاوتی می شود . اگر در محیط کشت نشاسته وجود داشته باشد ، باکتری آنزیمی را ترشح می کند ، که بتواند آن نشاسته را هضم کند . اگر در محیط کشت باکتری از چربی یا پروتئین استفاده شود ، باکتری آنزیمی ترشح می کند که بتواند آنها را هضم کند . پس تغییر در محیط کشت از نظر رژیم غذایی ، باعث تغییر کمی و کیفی در پروتئین های باکتری و به دنبال آن تغییر در نقشه پروتئوم آن باکتری می شود . همینطور تغییرات فیزیکی و شیمیایی در پیرامون باکتری ، سبب تغییرات در نقشه پروتئوم باکتری می شود . در سایر موجودات نیز این تغییرات ثبت شده اند . مثلا آنزیم پراکسیداز در ترب سیاه سالم و ترب سیاه ضخمی شده از نظر مقدار تفاوت دارد . این تغییرات را می توان با روش الکتروفورز 2 بعدی مشخص نمود.
در این روش پروتئین ها در محور X توسط میدان الکتریکی و اختلاف در PI آنها جدا می شوند . سپس در محور Y بر اساس تفاوت در جرم مولکولی جداسازی می شوند. به این ترتیب یک نقشه پروتئینی برای یک نمونه تشکیل می شود .

رفع عیب و مشکلات کار با سمپلر و کالیبره کردن آن

2010-03-10T10:12:00.004+03:30

اگر از سمپلر شما ، قطره قطره می چکد ، باید سر سمپلر را تا جایی که امکان دارد محکم نمایید . البته در بعضی از مواقع که از ، مواد بسیار فرار استفاده می شود ممکن است این حالت پیش آید . اگر مشکل حل نشد ، باید آن را باز کرده و تمیز کرده و گریس مخصوص آن را استفاده کنید .

کالیبره کردن سمپلرها :

باید سمپلر ها هر چند وقت یک بار کالیبره شود . معمولا سمپلر ها در انتهای خود یک پیچ تنظیم کننده دارند ، که در زیر یک لاستیک قرار دارد .
برای کالیبره کردن آن باید از یک ترازوی دقیق استفاده شود . سمپلر را روی آخرین مقدار خود ، مثلا برای سمپلر 100 لاندا روی ، 100 لاندا یا برای سمپلر 1000 لاندا روی ، 1000 لاندا تنظیم کنید و به وسیله آن یک حجم از آب مقطر را وزن کنید . چون دانسیته آب مقطر یک است و یک گرم آب مقطر یک ml می باشد ، پس وزنی که ترازو نشان می دهد ، باید 1000 میلی گرم باشد . 3 بار این کار را به یک روش انجام دهید . دقت شود که با یک روش حجم ها را توسط سمپلر بردارید و، این کار را بسیار آرام انجام دهید . از وزنهای بدست آمده میانگین گرفته شود . اگر میانگین آنها کمتر از 1000 لاندا بود یا بیشتر بود ، می توانید با پیچ تنظیم کننده ، آن را تغییر دهید و کالیبره نمایید . این کار را تا هنگامی که میانگین وزنها به 1000 لاندا برسد ، باید تکرار کرد .

پذیرش همکاری در این وبلاگ

2010-03-09T09:49:00.003+03:30

"پروتئومیکس" از تمامی علاقه مندان و صاحب نظران و کسانی که دستی در این رشته داشته و تجربه عملی دارند ، در زمینه گرد آوری مطالب ، ترجمه ، ارائه خلاصه مقالات به روز، همکار می پذیرد . برای اعلام همکاری خود کافی است که خلاصه ای از علاقه مندی ها و سوابق علمی خود را به آدرس پست الکترونیکی proteomicsiran@gmail.com ارسال کنید تا پروفایل شخصی شما ایجاد شود .

روش رنگ آمیزی ژل به روش نیترات نقره (آمونیاکی)

2010-02-03T10:12:00.012+03:30

این روش از سایر رنگ آمیزی ها بسیار حساس تر است . باندی که در روش کوماسی بلو ممکن است دیده نشود ، در این روش به سادگی دیده می شود .

محلول های مورد نیاز برای رنگ آمیزی :
(1): محلول ثبوت یک: 100ml محلول TCA (تری کلرواستیک اسید 20 %)
(2): محلول ثبوت دو : 40ml اتانول و 10ml اسید استیک را توسط آب مقطر به حجم 100ml برسانید.
(3): محلول گلوتار آلدهید 10%: 20ml از محلول استوک 50% گلوتار آلدهید را با آب مقطر به حجم 100ml برسانید.(به علت گرانی این ماده می توان از محلول رقیق تر استفاده کرد ولی زمان بیشتری را در نظر گرفت )
(4): محلول رنگ آمیزی (محلول نقره آمونیاکی): 21ml محلول هیدروکسید سدیم 0.36% و 1.95mlمحلول آمونیاک 25% را در یک ارلن بریزید. سپس در یک لوله آزمایش ، 0.8g نیترات نقره و 4ml آب مقطر ریخته ، حل می کنیم . محلول نیترات نقره را ، قطره قطره به محتویات ارلن اضافه کنید.
در صورت دیدن رسوب قهوه ای ، به آن دو قطره آمونیاک اضافه کنید و ظرف را تکان دهید تا محلول شفاف شود . حجم نهایی را به 100ml برسانید.
(5): محلول ظهور : 10mg اسید سیتریک و 0.1ml فرمالدهید (35%) را به حجم 200ml برسانید .
(6): محلول متوقف کننده : محلول متوقف کننده همان محلول ثبوت دو (2) می باشد .

مراحل رنگ آمیزی :
1- ابتدا ژل را توسط آب مقطر و درون ظرفی که روی شیکر قرار دارد به مدت 5 دقیقه بشویید.
2- اب مقطر را از ظرف خارج نمایید .
3- محلول ثبوت (1) را روی ژل ریخته ، جوری که روی آن را بپوشاند. به مدت 20 الی 30 دقیقه آن را شیک نمایید.
4- محلول ثبوت (1) را خارج کرده ، محلول ثبوت (2) را به ظرف اضافه نمایید . 20 دقیقه آن را شیک نمایید.
5- ژل را 2 بار و هر بار به مدت 5 الی 10 دقیقه با آب مقطر فراوان شیک نموده ، تا خوب شسته شود .
6- 100ml محلول گلوتارآلدهید را به ظرف اضافه کرده ، به مدت 20 الی 30 دقیقه آن را شیک نمایید.
7- پس از خارج کردن محلول ، ژل را 4 بار ، هر بار به مدت 5 دقیقه ، توسط آب مقطر شیک نمایید وبشویید.
8- محلول رنگ آمیزی را به ظرف اضافه کرده ، آن را به مدت 30 دقیقه شیک نمایید.
9- پس از خارج کردن محلول ، ژل را 3 بار ، هر بار به مدت 5 دقیقه ، توسط آب مقطر شیک نمایید وبشویید.
10- 100ml محلول ظهور را به ظرف اضافه کرده ، ظرف را تا ظهور باندها ، بسیار آرام تکان دهید.
11- پس از ظهور باندها به صورت مطلوب ، قبل از تیره شدن زمینه ژل ، محلول ظهور را به سرعت خارج کرده ، محلول متوقف کننده را اضافه نمایید.

نمونه ای از ژل رنگ شده با این روش

دوستانی که این وبلاگ را دنبال می کنند و ما را مورد لطف خود قرار می دهند

2010-01-31T20:06:00.000+03:30

با سلام
پاره ای مشکلات برای کامپیوتر بنده پیش آمده بود و کل اطلاعات و سیستم به هم ریخته بود . جوری که نه می توانستم ای میل بزنم و نه به راحتی می توانستم مطلب ارسال کنم . بسیاری از فایل هایی که آماده کرده بودم از بین رفت . مقداری از وقتم صرف دوباره سازی مطالب از بین رفته شد. و مشکلات دیگر.

به هر حال الان مشکلات کامپیوتر به حمد خدا رفع شده است و در همین روزها دوباره مطالب جدید می گذارم . البته کمک و راهنمایی های شما سبب بهبود مطالب می شود . ما را همچون قبل مفتخر نمایید.

با تشکر

طنز یارانه ای

2010-01-30T11:05:00.000+03:30

سال 1392

4 سال پس از تصویب یارانه ها

مجلس خواستگاری

پدر زن : خوب اقا داماد . می شه بگید که خانواده شما در چه خوشه ای هستند؟!!!

مصاحبه با دختر دم بخت

خبر نگار : ببخشید خانم ملاک شما برای ازدواج چیه؟

دختر دم بخت : ایمان ، اخلاق ، البته خوشه خانواده داماد هم خیلی مهمه.

اثر ویسکوزیته نمونه بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون

2010-01-25T08:25:00.003+03:30

به ترتیب از A به C به وسیله افزودن دکستران , ویسکوزیته زیاد شده است .

نحوه به دست آوردن غلظت پروتئین با روش لوری

2010-01-18T09:51:00.001+03:30

کاربر گرامی خانم هاله عطری ,
با سلام
به علت پاره ای از مشکلات در کامپیوتر بنده نتوانستم به شما ای - میل بزنم , لذا جواب شما را به وسیله این پست می دهم. که مشکل بقیه دوستان نیز حل شود .

شما از یک استاندارد که غلظت آن را می دانید استفاده کنید . برای استاندارد از بی اس ا استفاده کنید .مثلا بی اس ا با 5 غلظت 0.1 میلی گرم پر ام ال
BSA 0.1 mg/ml 0.2 mg/ml 0.3 mg/ ml 0.4mg/ml 0.5mg/ml
BSA = bovine Albomin Serum

نمونه های خود را یکی با همان غلظت و دیگری با 1/10 غلظت , دیگری را مثلا با 1/50 درست کنید
حالا باید طبق روش لوری جذب ها را بخوانید .
نمودار خود را بر حسب میلی گرم پر ام ال پروتئین و جذب بکشید .

شما جذب های استاندارد را می خوانید و در روی محور ایگرگ می نویسید . غلظت های استاندارد نیز روی محور ایکس مشخص کنید .
حال بهترین خطی که از این 5 نقطه عبور می کند , یا به صورت دستی یا با نرم افزار اکسل رسم کنید .حال با توجه به جذب نمونه های خود , به طوری که یک خط افقی از جذب مورد نظر رسم می کنید , تا به خط شما برخورد کند و از همان جا یک خط عمودی بکشید تا به محور ایکس شما برسد . جایی را که به محور ایکس برخورد کرده مشخص کنید .این نقطه غلظت پروتئین مورد نظر شما می باشد. سپس عدد به دست آمده را در ضریب رقت خود ضرب کنید.
در این روش از نمونه هایی که در بالا رقیق کرده اید آن نمونه ای را انتخاب کنید که عدد آن بین اعداد استاندارد باشد

مثلا یک نمونه دارید که غلظت آن نا مشخص است
ابتدا از این نمونه چند رقت بسازید
1/1 1/10 1/20 1/50

استاندارد های خود را بسازید
BSA 0.1mg/ml 0.2 mg/ml 0.3 mg/ ml 0.4mg/ml 0.5mg/ml

طبق روش لوری عمل نمایید
یک عکس برای شما اتچ کرده ام به آن دقت کنید

حال استاندارد ها را و همچنین جذب آنها را در نمودار بگذارید
بهترین خط را طبق آن رسم کنید
حال جذب نمونه ها را بخوانید

نمونه ای که جذب آن در محدوده جذب استانداردها است انتخاب کنید ( بقیه آنها دقت کافی را نخواهد داشت
یعنی نقاطی که به خط قهوه ای برسد فاقد اعتبار است

از نقطه ای که جذب آن مشخص است یک خط افقی رسم کنید تا به خط سبز برسید .سپس از آنجا یک خط رسم کنید تا محور ایکس را قطع کند . این نقطه غلظت نمونه شما است .که اگر رقیق کرده باشید , باید این عدد را در ضریب رقت ضرب کنید

در ضمن از اینکه جواب دیر شد ببخشید .کامپیوتر من با مشکلاتی روبرو بود
با تشکر

پوزش

2010-01-11T22:53:00.000+03:30

از کاربران گرامی به خاطر وقفه ای که پیش آمده بود , معذرت می خواهم . لپ تابم کلا از کار افتاده بود و کل اطلاعاتم از بین رفته است . به زودی کار را شروع خواهم کرد .

با تشکر از یاری و همراهی شما

مراحل خالص سازی

2010-01-04T17:01:00.001+03:30

GF: Gel filtration

HIC: Hydrophobic interaction

RPC: Reversed phase

IEX: Ion exchange

AC: Affinity

روز عاشورا را به امام زمان ، حضرت مهدی (ع) ارواحنا فدا تسلیت عرض می نماییم

2009-12-29T19:59:00.022+03:30

کجاست منتقم خون حسین

اثر حجم نمونه تزریقی بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون

2009-12-24T03:37:00.001+03:30

به ترتیب از آبی به قرمز حجم نمونه تزریقی به ستون ژل فیلتراسیون اضافه می شود .

ژورنال ها و مجلات علمی پروتئومیکس

2009-12-21T08:54:00.005+03:30

دیگر لازم نیست برای مقالات پول بدهید .
دوستان یک سری از سایت های مهم در رابطه با مقالات ، ژورنالها و مجلات خارجی که مبحث آنها پروتئومیکس است ، را در قسمت پیوندها با عنوان ژورنال ها و مجلات پروتئومیکس قرار داده ام ، که اکثرا رایگان است .

آشنایی با برخی نشریات مرتبط با پروتئومیکس

در این قسمت برخی نشریات مرتبط با پروتئومیکس معرفی میشوند. بدیهی است که این نشریات تنها نمونه هایی از نشریاتی هستند که به طور کامل یا جزئی بخشی از مقالات منتشره خود را به موضوع پروتئومیکس اختصاص داده اند ، و فهرست این نشریات درحال گسترش است.

Proteomics

این نشریه یکی از قدیمیترین ومعتبرترین نشریات فعال درزمینه پروتئومیکس است که از سال 2001 فعالیت به چاپ مقالاتی در زمینه Proteomics خود را آغاز کرده است و مقبولیت و اعتبار زیادی دارد. در حال حاضر به تکنیکها و کاربردهای پروتئومیکس میپردازد.

Molecular and Cellular Proteomics

این نشریه که توسط انجمن بیوشیمی و زیست شناسی مولکولی آمریکا منتشر می شود معتبرترین نشریه پروتئومیکس محسوب میگردد.

Journal of Proteome Research

این نشریه درحال حاضر از معتبرترین نشریات پروتئومیکس است. در این نشریه مقالاتی در زمینه تحلیل سیستمهاي زیستی و آنالیز فراگیر پروتئینها وعملکرد آنها انتشار مییابد.

Expert Review of Proteomics

در این نشریه تنها مقالات مروري (Review) به چاپ میرسند . در این نشریه تلاش میشود که راجع به هر موضوع، دیدگاه جامعی از اهمیت یک تکنولوژي خاص در تحقیقات یا کاربردهاي پزشکی ارائه گردد.

Brifings in Functional Genomics and Proteomics

در این نشریه هم مانند نشریه قبلی تنها مقالات مروري منتشر میشوند، که به تکنیکها، پروتوکلها و روش هاي مورد استفاده در تحقیقات ژنوم و پروتئوم میپردازند.

Current Proteomics

هدف این نشریه نیز انتشار مقالات مروري در زمینه پروتئومیکس است. دراین نشریه تمامی موضوعات مربوط به پروتئومیکس شامل روشها، نرمافزارها، پایگاه هاي اطلاعاتی، پیشرفت هاي تکنیکی و کاربردهاي جدید پروتئومیکس مورد بررسی قرار میگیرند. علاوه بر مقالات مروري، مقالاتی که به تبیین اهمیت تحقیقات و یافته هاي جدید درزمینۀ پروتئومیکس میپردازند نیز مورد توجه هستند.

BBA-Proteins & Proteomics

درحقیقت یک نشریه تخصصی پروتئومیکس محسوب نمیشود. و بیشتر به انتشار BBA این بخش از نشریه مطالبی در زمینه ساختمان پروتئینها، برهمکنش لیگاند-پروتئین، مکانیسمها، مدلها و سینتیک آنزیمی، ویژگی هاي فیزیکی پروتئینها، اسپکتروسکوپی و نیز مقالات کریستالوگرافی میپردازد.

Clinical Proteomics

هدف این نشریه انتشار مقالات مربوط به کاربردهاي تکنولوژي پروتئومیکس درتحقیقات پزشکی است.

Genomics, Proteomics & Bioinformatics

Beijing این نشریه توسط آکادمی علوم چین حمایت میشود ومدیریت آن برعهده انستیتو پروتئومیکس است. در این نشریه نتایج تحقیقات ژنومیکس، پروتئومیکس و بیوانفورماتیک انتشار مییابد. مقالاتی که به منابع اینترنتی و تکنیکهاي ژنومیکس و پروتئومیکس مربوط میشوند نیز میتوانند مدنظر قرار گیرند.

Proteome Science

این نشریه به صورت online منتشر میشود و دسترسی به متن کامل مقالات آن محدودیتی ندارد. مقالات این نشریه درمورد پروتئومیکس وعلی الخصوص آنالیزهاي پروتئومیکس ساختاري وعملکردي در زمینه زیست شناسی سلولی و تکوین هستند. در این نشریه مقالات تحقیقاتی، تکنیکها و مقالات مروري به چاپ میرسند.

Omics: A Journal of Integrative Biology

دراین نشریه مقالات ژنومیکس، ترانسکریپتومیک، پروتئومیکس، متابولومیک، گلیکومیک و مطالعات زیست شناسی سیستمها انتشار مییابند. پیشرفتهایی که در دوران پسژنومی در زیستشناسی و پزشکی حاصل گردیده اند مانند فارماکوژنومیکس (اندازهگیري کمی وابستگی پاسخ دارویی میزبان ها به تغییرات ژنتیکی ) و فیزیومیک ( physiomics ، تغییرات فیزیولوژیکی و عملکردهاي آن دریک موجود زنده کامل) دراین نشریه مورد توجه هستند.

Proteomics Virtual Journal

این نشریه مجازي (virtual) در حقیقت یک نشریه مستقل نیست، بلکه ویراستارهاي آن مقالات جالب توجه را ازمیان 15 نشریه انتشارات Elsevier انتخاب نموده و خلاصه مقالات آنها را بدون هزینه در نشریه خود به صورت online ارائه میدهند. هر خلاصه مقاله با یک لینک به صفحه اینترنتی نشریه مربوطه ارتباط پیدا میکند.

The Internet Journal of Genomics & Proteomics

این نشریه اینترنتی هم به تازگی راهاندازي شده است و تلاش میکند مقالات مرتبط با موضوعات مختلف ژنومیکس و پروتئومیکس را به چاپ برساند.

Proteome

این نشریه توسط انتشاراتSpringer به چاپ میرسیده است ولی انتشار آن خیلی زود متوقف شده است (به نظر میرسد تنها درسال 2000 مقالاتی منتشر نموده است). متن کامل مقالات این نشریه از طریق صفحه اینترنتی انتشارات قابل دسترسی میباشد.

سایر نشریات

نشریات زیاد دیگري با پروتئومیکس در ارتباط هستند که نامبردن از تمامی آنها در اینجا مقدور نیست. از این میان میتوان به نشریاتی که به انتشار تکنیکهاي جدید میپردازند مانند، Electrophoresis کلیه نشریات مرتبط با طیف سنجی جرمی
Anal. Biochem ، Anal. Chem ، J. Chromatogr. A & B و نشریات بیوانفورماتیکی مانند BMC Bioinformatics و Bioinformatics اشاره نمود.

چکیدهاي از کتب :

"پروتئومیک" تالیف مصطفی رضایی طاویرانی، سید امیر مرعشی، زھرا قلنبر و مھرناز مصطفوی

"بیوفیزیک" تالیف مصطفی رضایی طاویرانی و ھمکاران

رزولیشن در ستون های ژل فیلتراسیون

2009-12-14T23:55:00.002+03:30

برای بزرگتر دیدن تصویر بر روی آن کلیک کنید

1- نمودار اول - تفکیک رضایت بخش :

بدون نقص ، پیک های متقارن

2- نمودار دوم - تفکیک ناچیز :

فاکتورهای مؤثر در تفکیک ، شامل نوع ژل انتخاب شده ، اندازه ذرات ، حجم نمونه تزریقی ، حجم ستون ، شدت جریان را بررسی نمایید .

3- نمودار سوم - ستون بدون شست و شو :

بعد از عبور بافر به اندازه Vt ، هنوز پیک دیده می شود . همیشه بین دو تزریق نمونه در ستون ، یک مرحله شست و شو قرار دهید .

ممکن است مولکولها با ژل اتصال غیر ویژه داشته باشند . اگر اثرات متقابل ماهیت یونی داشته باشد ، برای شست وشو غلظت نمک را بالا ببرید (تا 150mM ) . این کار ممکن است به شست و شو کمک کند . اگر اثرات متقابل ماهیت هیدروفوبیک داشته باشد ، غلظت نمک را پایین آورید ، PH را بالا ببرید یا از یک دترجنت یا حلال آلی استفاده نمایید . این کار ممکن است به شست و شو کمک کند .

4- نمودار چهارم - پیک پیشتاز :

پیک نامتقارن : نمونه شسته شده ، به وسیله گزینش کردن یک راه ویژه در ستون ، قبل از حجم تهی دیده می شود . این عمل در اثر زیاد پک شدن به وسیله فشار زیاد یا سرعت زیاد ، رخ می دهد . ممکن است مجبور به پک کردن دوباره ستون شوید .

5- نمودار پنجم - پیک دنباله دار :

پیک نامتقارن : نمونه به صورت ناهموار و ناجور اعمال شده است .

اگر ممکن است بالای ستون را چک کنید . از پک شدن ستون به صورت هموار و یکنواخت و استعمال نمونه بدون آشفتگی در ستون ، مطمئن شوید . پیک های دنباله دار در اثر کم پک شدن به وجود می آید . (پک شدن به وسیله فشار کم یا سرعت کم) .

استعمار جدید , برده داری نوین (مقاله مهم)

2009-12-08T12:41:00.007+03:30

در این عصر انسانها از آگاهی بیشتری برخوردار شده اند و دیگر حاضر نیستند , دسترنج و حاصل عمرشان به یغما برده شود . این امر برای سودجویان و استعمارگران سنگین است . برای همین آنها روش خود را عوض کرده اند .

حال فصل استعمار جدید و برده داری نوین است .
باید کاری کرد که برده , با تمام تخصص و کارآیی خود , و حتی با هزینه خودش , این کار را انجام دهد . هزینه ای که شامل , تربیت متخصص و نیرو , فراهم کردن محیط کار و دستگاه ها , حقوق افراد و ... می باشد .
باید کاری کرد که برده با کمال رضایت , وهمچنین با کمال افتخار , این کار را انجام دهد .
باید از عصاره یک ملت استفاده کرد. همان چیزی که اگر آن را ببریم , تمام دارایی آنها را برده ایم .علم آنها را .

سیستم اول:
در کشوری که مردمش به فکر جناح چپ و جناح راست هستند , باید نخبگان آنها را برد , در کشوری که به علم , آنچنان که باید , اهمیت داده نمی شود , باید متفکرانش را برد . در کشوری که مخترعانش از همه فقیر ترند و معلمانش از همه کم درامد ترند , باید مخترعانش را برد .
باید کاری کنیم که با مزایای ویژه , پول و امکانات برای تحقیقات , آنها را به سمت خود بکشانیم . اختراعات آنها را در کشور خودمان ثبت کنیم . اختراعات آنها را به تولید برسانیم و سودش را ببریم . ولی افتخارش را برای آنها می گذاریم , که فلان متخصص , در فلان کشور , از آن کشور شماست .

سیستم دوم :
خوب , شاید شیوه بالا بعضی جاها کمتر جواب بدهد , مثل کشور ما . در کشوری که مردمش اسلامی تر , با غیرت تر و دنبال پیشبرد علم هستند .
باید کاری کنیم که متخصصان و متفکران و مخترعین را (در غالب ارائه مقاله , مقاله بهتر , چاپ مقاله در بهترین مجله علمی و مسابقات علمی و .... ) بشناسیم و وادارشان کنیم که دو دستی تحقیقات خود را بیاورند و تقدیم ما کنند . باید ارسال مقالات به خارج از کشورشان یک ارزش شود و ارزش گذاری افراد و متخصصین را بر اساس خدمت به خودمان , سرلوحه آنها قرار دهیم . آخر مگر ما چقدر متخصص داریم که این همه تحقیق داشته باشند . ما چقدر باید خرج کنیم تا یک فرد , تحصیلات خود را در مقطع ابتدایی , راهنمایی , دبیرستان و تحصیلات تکمیلی , تمام کند و یک نیروی متخصص شود . این جوری ثمره یک عمر زحمت و تلاش یک سیستم و همچنین عصاره آن را که تولید علم است , بدون صرف هیچ پولی , بدون اینکه کسی متوجه شود , به یغما می بریم , اما برای اینکه دلشان خوش شود , به آنها جایزه می دهیم و یا حتی لازم نیست جایزه هم بدهیم , تازه باید افتخار هم بکنند که تحقیقاتشان را در مجله خودمان نوشته ایم .

در پایان تو ای عزیز ,
ای متفکر , ای مخترع , ای دانشمند , ای دولت مرد , ای سیاست مدار و ای مدیر , از تو می خواهیم که به فکر ملت خود باشی و نگذاری ما را به یغما برند , نگذار برده بیگانگان باشیم . بیاییم سیستمی را طرح ریزی کنیم که امکان رشد و بالندگی را به افراد بدهد . به خودمان و به افراد متخصصمان بها دهیم . دست از این فکر که کار خارجی و تحقیق خارجی و تولید خارجی بهتر است برداریم . نگوییم اگر این طرح خوب بود یا این کار خوب بود یا این فکر خوب بود , حتما خارجی ها این کار را انجام می دادند . از افراد نخبه استفاده کنیم . نگذاریم مقالاتشان در بایگانی خاک بخورد . نگذاریم اختراعاتشان بدون حمایت بماند و بدون تولید , رها گردد . نگذاریم مخترعان مأیوس شوند و عشقشان به اختراع و تحقیق در نطفه خاموش شود و به جای اختراع و تحقیق و تولید به شغل مسافرکشی روی آورند . باید آنها را واقعا حمایت کرد , به آنها حقوق داد , رفاهشان را فراهم کرد . وسایل مورد نیازشان را فراهم کنیم . از آنها در شاخه های صنعتی کمک بگیریم . نگذاریم از کشورمان رو بگردانند . اینها نعمت هایی هستند که خداوند به ما داده است و از هر نفت و اورانیومی گرانبها ترند .
پس ای مخترع و ای محقق , دست شما را می بوسم و به خاطر اینکه تا حالا با این همه مشکلات , از کشور نرفته ای و حاضر شده ای با کل مشکلات و نداری در ایران ما بمانی , از تو قدردانی می کنیم . از دست من حقیر کاری بر نمی آمد , به جز اینکه این مقاله را بنویسم .

اثر سرعت فاز متحرک بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون

2009-12-03T13:41:00.011+03:30

اثر سرعت فاز متحرک بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون

خارج از بحث (همیچیین خارجم نه)

2009-11-30T08:30:00.005+03:30

ويلٌ للمطففين

وای بر کم فروشان

نه , خواهش می کنم , نگو که بی ربط است , نگو که اینجا چه ربطی داره , نگو که مگر اینجا کلاس قرآنه , نگو ای بابا و .....

بخدا اگر هممون به این آیه کوچیک قرآن توجه کنیم , کلی از مشکلات خودمان , محلهء مان , شهرمان , اجتماعاتمان , اقتصادمان و بلاخره کشورمان حل می شه .
کوچیک که بودم و بعضی وقتا که قرآن می خواندم , فکر می کردم , طبق معنی که در قرآن نوشته بود , این عبارت یعنی وای به حال کم فروشان . بلا فاصله کاسب محلمان و سبزی فروش سر کوچهء مان به نظرم می رسید . بعد می گفتم بیچاره !!!؟ برا همین از کاسبی کلا می ترسیدم .
اما الان می فهمم معنی آیه بالا چیه !!!!

كم فروش يعني كسي كه به وظيفه اش عمل نكند ... كسي كه براي ديگران كم بگذارد...

وای بر هر کم فروشی , وای به حال معلمی که برای شاگردش کم می زاره (می گذارد)!!!؟ وای به حال پدر و مادری که برای فرزندانش کم می زاره !!!؟ وای به حال فرزندی که برای پدر و مادرش کم می زاره !!!؟ وای به حال کارگری که در کارش کوتاهی می کنه !!!؟ وای به حال دکتری که کم سواد است و درست بیمارش را دوا نمی کنه !!!؟ وای به حال مسافربری که مسافرش رو هنوز نرسیده به مقصد پیاده می کنه !!!؟ وای به حال رئیسی که نه سواد ریاست دارد و نه لیاقت و توانایی و نه جرأت و قدرت!!!؟ وای به حال بساز و بفروشی که خانه می سازد اما خودش می دونه چی کار کرده !!!؟ وای به حال کارمندی که از کارش می زنه و مردم را می دوونه و تو وقت اداری درس می خونه تا مدرکش بره بالاتر!!!؟ وای به حال پلیسی که هم از آخور می خوره و هم از توبره !!!؟ وای به حال اون کارمندی که پول می گیره تا جواز بده !!!؟ وای به حال اون کارمند که تا پول نگیره سندتو درست نمی کنه !!!؟وای به حال اون مأموری که تا پول نگیره معافیتو درست نمی کنه !!!؟وای به حال اون دانشجویی که تز پایان نامه رو یا می خره یا از تو اینترنت کپی پیست می کنه !!!؟ وای به حال اونی که تا اسمشو تو طرحت ننویسی , طرحتو تصویب نمی کنه !!!؟ وای به حال اون محققی که روزی 8 ساعت پشت کامپیوتره و دریغ از یه طرح به درد بخور!!!؟ وای به حال اون کسی که مدیره و باید برای پیشبرد کار در جایی که کار می کنه , بودجه فراهم کنه , اما فقط و فقط کارش جلسه رفتنه !!!؟

ويل للمطففين
تو رو خدا فردا همه تماس نگیرند و بگویند , به فلان شغل و فلان شخص توهین شده و چنین و چنان . این چیزایی که گفتم دیده شده و رفتار آشنایی است , پس ای فلانی اگر اعتراض داری , به خودت اعتراض کن , که این رفتار را من , از تو دیده ام

جدول تعیین درصد ژل آکریل آمید و آگاروز برحسب جرم مولکولها

2009-11-27T00:32:00.004+03:30

درصد آکريل آميد مناسب براي جداسازي پروتئين هايي با جرم هاي مولکولي متفاوت

از ژل 12.5 درصد به بالا مولکول هایی که جرم آن بالاتر است در ژل حرکت و معنای چندانی ندارد . مثلا در ژل 12.5 درصد ماکزیمم جداسازی 100 می باشد , پس مولکول هایی که جرم آنها بزرگتر از 100 است , در ژل حرکت چندانی ندارند .

درصد آگاروز مناسب براي جداسازي DNA

پلیمریزاسیون ژل آکریل آمید در الکتروفورز

2009-11-24T08:35:00.001+03:30

پلیمریزاسیون ژل :

یک رادیکال آزاد که به عنوان یک آغازگر , پلیمریزاسیون ژل آکریل آمید را سبب می شود , از یکی از این دو راه تولید می شود . پروکسید یا روش فوتوشیمی . عمومی ترین روش استفاده از آمونیوم پرسولفات به عنوان یک پروکسید آغازگر است . و از TEMED به عنوان یک تسریع کننده یا (کاتالیزور) استفاده می شود .

برای پلیمریزاسیون به روش فوتوشیمی از ریبوفلاوین riboflavin و اشعه UV به عنوان آغازگر استفاده می شود و از TEMED به عنوان یک کاتالیزور استفاده می شود . به محلول ژل اشعه ماوراء بنفش تابانده می شود . یک لامپ فلورسنت واکنش فوتوشیمی را آغاز خواهد کرد .

پلیمریزاسیون به روش فوتوشیمی در مواقعی که باید قدرت یونی در ژل پایین باشد , مورد استفاده قرار می گیرد . زیرا در این روش فقط یک مقدار بسیار جزئی از ریبوفلاوین لازم است . همچنین در مواقعی که پروتئین در مقابل آمونیوم پرسولفات خیلی حساس است یا به وسیله پروکسید وارد پلیمریزاسیون می شود , از این روش استفاده می گردد .

پلیمریزاسیون آکریل آمید یک واکنش گرمازاست . پلیمریزاسیون سریع گرمای زیادی تولید می کند . این امر انتقال برق را در ساختمان ژل ناهمگون می نماید و گاهی باعث شکسته شدن شیشه آن می شود . این مشکل به طور ویژه در ژلهایی با غلظت بالا (>T 20% ) دیده می شود . برای جلوگیری از گرمای زیاد باید غلظت آغازگر – کاتالیزور را طوری تنظیم کرد , که پلیمریزاسیون در مدت 20-60min کامل شود .

ترسیب پروتئین ها

2009-11-19T15:50:00.011+03:30

جهت كاهش حجم و تغليظ پروتئينها , از روشها مختلف رسوب دهی مانند رسوب ‌دهی به وسيله نمك ، حلال های آلی و حلال های پليمری استفاده می شود .

رسوب‌ دهی به وسيله نمك :
روش عمومی براي انجام عمل رسوب دهی استفاده از نمك است كه با افزايش مقدار نمك حلاليت پروتئينی كم شده و به هم پیوسته و رسوب می کند . قدرت رسوب دهی نمك‌ ها , به‌ صورت ذرات آنيوني و كاتيون در زیر نشان داده شده است .

Anions : Po4 3-, So4 2-, CH3Coo -, Cl -, Br -, No3 -, Clo3 -, I -, SCN

Cations : NH4+, K+, Na+, gunidine Cl(CH2)3

از طريق هيدراته شدن یونهای مثبت و منفی نمك افزوده شده در محلول و دور كردن مولكولهای آب از سطوح هيدروفوب پروتئين‌ها و درنتيجه اين سطوح هيدروفوب به هم پيوسته و رسوب می نمایند .

رسوب ‌دهی به وسيله حلال های آلی :
با افزايش حلال‌ آلی ، قدرت حلاليت مولكولهای باردار آب دوست پروتئينها در محيط آبی كم شده و باعث به هم پيوستن ذرات مولكولی و رسوب دهی آنها می ‌شود . ( مانند مكانيزم رسوبدهی پروتئين ها در نقطة ايزوالكتريك , در غلظتهای پايين نمك) . به عنوان مثال اتانل , در جداسازی پروتئينهاِی پلاسمایی بسيار مورد استفاده قرار مي‌گيرد .

رسوب ‌دهی به وسيله پليمرهای آلي :
این روش , مانند روش استفاده از حلال‌ آلی و از طريق كاهش فعاليت محيط آبی است. به عنوان مثال Poly Ethylen Glycol , در جداسازی پروتئينهاِی پلاسمایی , فراوان مورد استفاده قرار مي‌گيرد .

افینیتی کروماتوگرافی

2009-11-15T08:26:00.005+03:30

افینیتی کروماتوگرافی :افینیتی کروماتوگرافی یکی از روش های جداسازی نمونه های پروتئینی است که خیلی زیاد مورد استفاده قرار می گیرد و بسیار گزینش پذیر و مؤثر است . این تکنیک بر پایه اثرات متقابل منحصر به فرد موجود بین یک مولکول و یک لیگاند متصل به یک ماتریکس است .

کارهای لازم برای طراحی یک افینیتی کروماتوگرافی عبارتند از :1- پیدا کردن یک لیگاند که ویژگیهای کافی داشته باشد .
2- پیدا کردن شرایط مناسبی که در آن لیگاند و پروتئین هدف به هم متصل شوند . همچنین به همان راحتی هم بتوانند از هم جدا شوند .

مراحل کار با کروماتوگرافی افینیتی را می توان به 3 مرحله اصلی تقسیم کرد .

1-Equilibration :

اولین قدم در کروماتوگرافی افینیتی آماده سازی فاز ساکن است . فاز ساکن معمولا ترکیبی است حل نشدنی از یک پلیمر هیدروفوبیک , برای مثال , آگاروز . باید این فاز را با بافرهای لازم به تعادل رساند و شرایط را برای چسبیدن پروتئین هدف آماده کرد .

2-Application of Sample :

در یک نمونه که حاوی انواع مختلف پروتئین می باشد , پروتئین هدف جلب فاز ساکن می شود , به آن متصل می شود و سایر پروتئین ها به راحتی از میان فاز ساکن عبور می کنند و شسته می شوند . موفقیت این بخش , به مقدار توانایی مولکول هدف برای متصل شدن به لیگاند بستگی دارد . ثابت تفکیک (KD) وابسته است به مقدار نیروی موجود بین مولکول هدف و لیگاند . (KD) کمتر یعنی پیوند قویتر . مقدار (KD) بین 10 به توان 4- و 10 به توان 6- ایده آل برای متصل شدن پروتئین هدف و فاز ساکن می باشد . اگر (KD) بسیار بزرگ باشد , پروتئین هدف به ستون نمی چسبد . اگر (KD) خیلی کوچک باشد , پروتئین هدف به سختی به لیگاند ها متصل می شود و به صورت برگشت ناپذیر جذب آن می شود . در طی شستشو , به استثنای پروتئین هایی که محکم به فاز ساکن چسبیده اند , اغلب مولکولهایی که دارای اثرات متقابل ضعیف هستند , توسط مثلا , یک محلول حاوی غلظت بالای نمک , شسته می شوند .

3-Elution :

به دنبال شست و شو در مرحله آزاد سازی پروتئین ها به صورت یک باند از فاز ساکن جدا می شوند . پس از اینکه نمونه هدف به فاز ساکن چسبید , گرادیانت بافر لازم است . در کروماتوگرافی افینیتی باید شرایط چسبیدن و شرایط رها شدن به راحتی فراهم شود .

2 راه برای شست و شوی مولکول هدف از فاز ساکن وجود دارد .

1- تغییرمقدار (KD) از کم به زیاد . مقدار (KD) ایده آل برای شست و شو معمولا بین 10 به توان 1- و 10 به توان 2- می باشد . همچنین مقدار (KD) می تواند با تغییر شرایط عوض شود . شرایطی مثل غلظت نمک , PH و دما .

2- اضافه کردن ماده ای که به عنوان رقیب به لیگاند متصل شود و باعث آزادی پروتئین هدف شود . یا ماده ای که به عنوان رقیب به پروتئین هدف متصل شود و همراه آن , به وسیله بافر از ستون و فاز ساکن شسته شود .

شکل شماره 2 : آزادسازی پروتئین های هدف به وسیله پروتئین های رقیب

شکل شماره 3 : آزادسازی پروتئین های هدف به وسیله لیگاندهای رقیب

مولکولهای هدف :
3 گروه از مولکولهای هدف وجود دارند که می توان در آن از روش افینیتی کروماتوگرافی استفاده کرد .

1- اتصالات ویژه مستقر بر روی مولکولهای زیستی فعال : این مولکولها شامل رسپتور , آنتی بادی وآنزیم های فعال می باشند . این مولکولها توسط لیگاندهای طبیعی خود یا لیگاند های شبیه به آن مورد استفاده قرار می گیرند .

2- گروههای مصنوعی که روی مولکولهای طبیعی قرار گرفته اند : برای مثال پلی ساکارید ها . این کار برای جداسازی گروهی آن سودمند است .

3- مولکولهای مهندسی شده که شامل یک برچسب افینیتی است : برای مثالی از این نوع برچسبها GST مخفف Glutathione-S-Transferase یا پروتئین هایی با هیستیدین قابل دسترسی . این برچسب ها اکثرا مهندسی شده تا پروتئین ها جداسازی شوند .

لیگاندهایی که فقط مخصوص یک مولکول خاص باشند را کمتر می توان به صورت یک ماتریکس تجاری پیدا کرد . لیگاندهایی که برای یک گروه خاص استفاده می شوند معمولا به صورت تجاری قابل دسترس هستند , زیرا بیشتر مورد استفاده قرار می گیرند . لیگاندهای کوچک تر ممکن است در بدست آمدن نتایج مشکلاتی را به وجود آورند . یکی از آنها تداخل شکل فضایی است .دیگر مشکل عدم دستیابی به لیگاند است .

شکل شماره 4 : وقتی لیگاند یک فاز ساکن تهیه می شود , اغلب لازم است که دارای یک بازوی بلند باشد , تا مانع از تداخل و اتصال مولکول و لیگاند نشود .

عیب یابی در الکتروفورز

2009-11-13T13:01:00.002+03:30

برای دیدن بهتر تصویر بر روی آن کلیک نمایید .

آشنایی با مفاهیم اولیه و کابردهای پروتئومیکس

2009-11-12T17:41:00.008+03:30

چکیده اي از کتب

"پروتئومیک"
تالیف مصطفی رضایی طاویرانی، سید امیر مرعشی، زھرا قلنبر و مھرناز مصطفوی

"بیوفیزیک"
تالیف مصطفی رضایی طاویرانی و ھمکاران

مقدمه و مفاهیم اولیه پروتئومیکس
پروتئومیکس روشی معقول براي ایجاد ارتباط بین اطلاعات موجود در توالی نوکلئوتیدي و خصوصیات عملکردي یک سلول میباشد از پروتئومیکس و تکنیکهاي آن در تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، توصیف موتانتها، شناسایی و توصیف اثر عوامل غیر زنده بر موجود از طریق پروتئینهاي پاسخگو، مقاومت موجود به استرس و غیره در زمینه هاي مختلف از جمله پزشکی، کشاورزي، صنعتی و غیره بطور گسترده استفاده میشود افراد مرتبط با پژوهشهاي پروتئومیکس معمولاً در یک یا چند بخش از این قسمتها فعالیت میکنند .

جداسازي پروتئینها
تمامی تکنولوژیهاي پروتئومیکس به توانایی ما در خالص سازي و تفکیک اجزاء یک مخلوط پروتئینی وابسته است .

شناسایی پروتئینها
معمولاً توالی یک پروتئین بهترین شناسۀ آن است. روشهایی مانند روش توالی یابی ادمن به طور سنتی براي این منظور استفاده می شده اند، اما این روشها در کارهاي پروتئومیکس نمیتوانند کاربرد گسترده اي داشته باشند چرا که سرعت بسیار پایینی دارند درحال حاضر روشهاي طیف سنجی جرمی براي این منظور استفاده میشوند . داده اي که از این روشها بدست می آید معمولاً یکسري وزن مولکولی قطعات پپتیدي (اثر انگشت جرمی پپتید) و یا در دستگاه هاي پیشرفته تر چند توالی کوچک از بخشهاي مختلف پروتئین است. بعداً این داده ها را میتوان با داده هاي موجود در بانکهاي اطلاعاتی توالی پروتئینها مقایسه کرد و پروتئین مورد مطالعه را شناسایی نمود. امروزه از تراشه هاي پروتئینی هم ممکن است استفاده شود و پروتئینها را برحسب ویژگیهاي اتصالی آنها (که میتواند منحصر به فرد باشد) شناسایی میکنند .

اندازهگیري میزان پروتئین
براي اندازه گیري پروتئین از رنگ آمیزي معمولی ژلها به همراه نرم افزارهاي آنالیز تصویر میتوان استفاده کرد. در رنگ آمیزي افتراقی، دو نمونه مختلف به وسیله دو رنگ فلورسانت متفاوت برچسب گذاري میشوند و به طور همزمان روي ژل از همدیگر تفکیک می گردند. از روي رنگی که هر لکه روي ژل دارد میتوان به میزان بیان پروتئین درهریک از نمونه ها پی برد. روشهاي مختلفی نیز براي آنالیزهاي غیروابسته به ژل طراحی شده اند که از میان آنها میتوان به برچسب گذاریهاي تمایلی اشاره نمود .

آنالیزهاي محاسباتی توالی پروتئینها
مهمترین هدف در این بخش شناسایی یک پروتئین مجهول از میان یک بانک اطلاعاتی بزرگ از پروتئینهاست ، اما شناسایی دومینها ، پیشبینی عملکرد پروتئینها و شناسایی روابط تکاملی پروتئینها هم در این بخش مد نظر است .

پروتئومیکس ساختاري
در این بخش تلاش میشود ساختار سه بعدي پروتئینهاي یک پروتئوم با سرعت قابل قبولی تعیین گردد. در حال حاضر از ابزارهایی نظیر کریستالوگرافی اشعه X و نیز NMR براي این منظور بهره برده میشود .

پروتئومیکس برهمکنشها یا اینتراکتومیکس
در این بخش برهمکنش پروتئینها مورد مطالعه قرار میگیرد. مهمترین ابزاري که براي این منظور استفاده گردیده تکنیک دوهیبریدي مخمر (Y2H) میباشد. از تراشه هاي پروتئین نیز براي شناسایی برهمکنشها استفاده میشود .

شناسایی تغییرات پروتئینها
تقریباً تمامی پروتئینها کم وبیش با آنچه که از ترجمه خالص رونوشت ژنی آنها پیش بینی میشود تفاوتهایی دارند که به خاطر تغییرات شیمیایی پس از ترجمه حاصل شده است. روشهاي خاصی براي مطالعه این تغییرات ابداع شده اند که از میان آنها میتوان به فسفوپروتئومیکس (مطالعه فسفریله شدن پروتئینها) و گلیکوپروتئومیکس (مطالعه گلیکوزیله شدن پروتئینها) اشاره نمود .

پروتئومیکس سلولی
هدف این بخش، که قدمت چندانی ندارد، شناسایی محل دقیق پروتئینها و نوع برهمکنشهاي پروتئینی در رخدادهاي مختلف سلولی است. از جمله ابزارهایی که دراین بخش مورد استفاده قرار می گیرند میتوان به توموگرافی اشعه X و میکروسکوپ فلورسانس اشاره نمود .

برای داشتن دیدی بهتر و جهت دانلود خلاصه این کتابها شامل بخشهای زیر:
1- مقدمه و مفاهیم اولیه پروتئومیکس
2- تاریخچه پروتئومیکس
3- کاربردهای پروتئومیکس
4- وضعیت پروتئومیکس در جهان
5- دورنمای پروتئومیکس

روش رنگ آميزی ايميدازول – روی

2009-11-11T23:48:00.001+03:30

اين روش رنگ آميزی به حساسيت روش نقره است و تنها یک ساعت طول می کشد. این روش رنگ آميزی نگاتيو است که در آن زمينه ژل به جاي پروتئين ها رنگ می شود. رنگ به صورت کمپلکسي از "SDS" و ايميدازول روی و به رنگ سفید کدر در ژل رسوب ميکند . مناطقی از ژل که حاوی پروتئين هستند شفاف باقی می مانند . برهم کنشی بين رنگ و پروتئين وجود ندارد ودر صورت نياز، ژل را کاملاٌ می توان رنگ زدايی کرد . اين روشها را برای ژلهای 2-D آناليتيکال و ژلهای SDS-PAGE هم می توان بکار برد . برای ژلهای نازک تر ( کمتر از يک ميلی متر ) زمان انکوباسيون در روش ايميدازول- روی را می توان کاهش داد . تکه ژلهايی که توسط ايميدازول- روی رنگ آميزی شده اند را می توان توسط اسيد سيتريک 2% رنگ زدايی کرد .

محلول های مورد نیاز :

محلول تثبیت کننده
50%(v/v) متانول , 5%(v/v) اسید استیک گلاسیال , 45%(v/v) آب مقطر

محلول 0.2M سولفات روی (محلول شماره 2)
28.7g سولفات روی در 500ml آب مقطر

محلول 0.2M ایمیدازول , 0.1% SDS (محلول شماره 3)
6.8g ایمیدازول , 500ml , 0.5g SDS آب مقطر

نحوه رنگ آمیزی :
1- بعد از اتمام الکتروفورز , ژل را به مدت 20min در محلول تثبیت کننده غوطه ور نمایید .
2- محلول را دور ریخته و ژل را 2 بار به مدت 15min در آب مقطر , توسط شیکر به آرامی شیک نمایید
3- در محلول شماره 3 به مدت 15min و در انکوباتور , توسط شیکر به آرامی شیک نمایید
4- محلول شماره 3 را دور ریخته و محلول شماره 2 را به آن اضافه نمایید . 30 الی 60 ثانیه شیک نمایید.
5- وقتی رنگ رضایت بخشی ظاهر شد , می توانید محلول را دور ریخته و به جای آن آب مقطر به ژل اضافه کنید .

در این روش رنگ آمیزی , ژلها اندکی شکننده تر به نظر مي رسند و درصورت نگهداری طولانی مدت مستعد خشک شدن هستند. ضمناً برای مشاهده نياز به زمينة تيره دارند. همچنین می توانید این روش را همراه با روش کوماسی بلو انجام دهید . به نحوی که پس از رنگ آمیزی کوماسی بلو , مراحل 2 تا 5 را انجام دهید .

روش رنگ آميزی کوماسی بلو کلوئيدی

2009-11-10T23:33:00.000+03:30

اين روش درکمتر از 2 ساعت پروتئين ها را در يک زمينه تميز و با حساسيتی درحدود روش نقره رنگ آميزی می کند. افزودن اتانول و سولفات آمونيوم به محلولی از آبی کوماسی G-250 در اسيد فسفريک رقيق، رنگ مذکور را به سمت شکل کلوئيدی آن سوق می دهد. در طی رنگ آميزی ، تعادلی بين اشکال کلوئيدی وفرم پراکنده مولکولی رنگ وجود دارد . فرم پراکنده رنگ وارد ماتريکس ژل شده و پروتئين ها را رنگ می کند. در حالی که فرم کلوئيدی بيرون نگه داشته می شود و به اين ترتيب از رنگ آميزی زمينه پرهيز می شود.

محلول مورد نیاز :

تهیه 1000ml محلول رنگ آمیزی
100ml از محلول آمونیوم سولفات 10% , 20ml از محلول کوماسی بلو 0.1% , 30ml از محلول اورتو فسفریک اسید 3% , 200ml از محلول اتانول 20% , 650ml آب مقطر

نحوه رنگ آمیزی :
1- پس از الکتروفورز، ژل را 2 بار به مدت 3min در آب مقطر , توسط شیکر به آرامی شیک نمایید.
2- ژل را در محلول رنگ آمیزی کوماسی بلو کلوئيدی به مدت 2 ساعت قرار دهید .
3- باندها باید بدون رنگ زدایی دیده شوند , اما می توانید با آب مقطر نیز رنگ زدایی کنید .

محلول رنگ را پيش از استفاده نبايد صاف کرد.

جدول درصد اشباع آمونیوم سولفات برای ترسیب پروتئین ها در 20C

2009-11-09T14:56:00.010+03:30

جدول درصد اشباع آمونیوم سولفات برای ترسیب پروتئین ها در 20C

ایمنی در انجام الکتروفورز با ژل اکریل آمید

2009-11-07T23:39:00.008+03:30

محافظت شخصی و تجهیزات مورد نیاز :
کاور کفش
استفاده از ماسک در هنگام وزن کردن SDS
استفاده از دستکش در حین انجام کار
استفاده از محافظ چشم

قبل از شروع کار :
افراد باید آموزشهای مورد نیاز به ویژه مستندسازی را تعلیم دیده باشند .
مراجعه به MSDS برای هر یک از مواد شیمیایی .
فقط از محلول Acrylamide تجاری استفاده شود (محلول توسط افراد ساخته نشود).
مطالعه و فهمیدن کل پروسه

خطرات :
مواد شیمیایی خطرناک
شوک الکتریکی (منبع تغذیه الکتروفورز)
جراحت و پارگی
صدمه به چشم

محلول های مورد نیاز :Acrylamide solution
Tris buffers
SDS solution
Ammonium Persulphate
TEMED
Sample buffer

خطرات هر ماده شیمیایی در MSDS آن ماده ذکر شده است . اساسا ، دستکش باید در سراسر طول آزمایش استفاده شود . اگر دستکشها با یکی از مواد شیمیایی آلوده شدند ، باید دستکش را تعویض و یا توسط آب شسته شوند . ضمنا باید موقع توزین مواد از ماسک استفاده کرد .

محلول ها :

Acrylamide :
محلول Acrylamide نباید از پودر آن تهیه شود . زیرا آن یک ماده نوروتوکسین (سمی که بر اعصاب تأثیر می گذارد) و خطرناک است . لذا باید از محلول هایی که به صورت تجاری ساخته می شوند , استفاده کرد .

بافر trīs :بافر trīs هیچ خطر قابل توجهی ندارد. با این وجود ، برای تنظیم PH باید از اسیدهای قوی و بازهای قوی استفاده کرد . از دستکش و محفاظ چشم استفاده شود و SOP استفاده از PH متر خوانده شود .

تجهیزات :در الکتروفورز از منبع الکتریسیته استفاده می شود که کشنده و خطرناک است . لذا دقت شود که رابطهای برق در جای خود محکم شده باشند و مایعات در اطراف منبع تغذیه ریخته نشده باشد . همچنین قبل از اتصال تانک به منبع تغذیه سرپوش دستگاه نصب شود .

تشخیص خطر: متوسط
شماره تشخیص خطر: SS12

تیم تهیه کننده : Dr. Tim Chataway, Angela Binns

تاریخ تهیه : 25/2/07

نگهداری کیسه دیالیز

2009-11-03T21:22:00.002+03:30

از کیسه دیالیز بارها و بارها می توان استفاده کرد . به همین خاطر باید در نگهداری آن کوشید . کیسه دیالیز به راحتی سوراخ می شود , برای همین نباید با وسایل تیز تماس پیدا کند . همینطور به راحتی میکروب می زند , لذا آن را در محلولهای ضد میکروب و در یخچال نگهداری می کنند . محلولی نظیر سدیم آزاید 0.01% یا محلول مرتیولات 0.01% . در هنگام استفاده از کیسه دیالیز باید از تماس دست با آن اجتناب کرد , زیرا ممکن است چربی و یا آلودگی جداره آن را آلوده نماید .

پس از هر بار استفاده از کیسه دیالیز باید آلودگی های آن برطرف شده و با مقدار زیادی آب شسته شود . در انتها با آب مقطر نیز شسته شود و آن را در محلول ضد میکروب و درون یخچال نگهداری کرد .

در ضمن برای اینکه کیسه دیالیز دوام بهتری داشته باشد و کار با آن آسانتر باشد , بهتر است از گیره های مخصوص آن , برای بستن دو انتهای آن استفاده کرد .

آماده کردن کیسه دیالیز

2009-11-02T20:24:00.000+03:30

کیسه دیالیز در سایزهای مختلف تولید می شود و برای حفاظت بیشتر از آن با یک لایه آگار پوشیده می شود . برای استفاده از کیسه دیالیز باید این لایه را از سطح آن زدود تا تبادل یون راحت تر انجام گیرد . برای این کار کافی است که کیسه دیالیز در محلولی که دارای کربنات سدیم هیدروژن است به مدت پانزده الی سی دقیقه بجوشد . همچنین برای از بین بردن یونهای فلزی به ویژه یونهای فلزات سنگین از EDTA استفاده می شود .

محلول مورد نیاز برای آماده سازی کیسه دیالیز :
NaHCO3 به مقدار 2g/100ml
EDTA به مقدار 0.05g/100ml

کیسه دیالیز باید در این محلول جوشانده شود .

خبر درباره آنفولانزای خوکی

2009-10-27T11:37:00.001+03:30

45000 نفر در جهان به این بیماری مبتلا و 5000 نفر به دیار باقی شتافتند .

در ایران 1600 نفر مبتلا و طبق آمار ارائه شده 22 نفر درگذشتند .

طبق اولویت افرادی که در خطر هستند و باید واکسینه شوند:

1- زنان حامله

2-افرادی که با نوزادان زیر 6 ماه در رابطه هستند .

3-افرادی که در مراکز درمانی مشغول به کار هستند .

3- نوجوانان

4- افراد مسن که دارای بیماری مزمن هستند.

5- سایر افراد

اندازه گیری پروتئین به روش لوری (Lowry)

2009-10-20T19:16:00.001+03:30

محلول های مورد نیاز:
A : محلول 1% w/v سولفات مس (CuSO4.5H2O)
B : محلول 2% w/v سدیم پتاسیم تارتارات (Sodium Potassium Tartrate)
C : محلول 0.2 M سدیم هیدروکساید (Sodium Hydroxide)
D : محلول 4% w/v سدیم کربنات (Sodium Carbonate)

این محلول ها را در دمای اتاق می توان نگهداری نمود .

E : به 49ml از محلول 49ml , C محلول D اضافه کنید . سپس 1.0ml از محلول A به آن اضافه کرده , و بعد 1.0ml محلول B به آن اضافه کنید و نام آن را محلول E می گذاریم . این محلول در صورت نیاز باید به صورت تازه تهیه گردد .

F : به 10ml از محلول 10ml Folin-Ciocalteau آب اضافه می کنیم .

به 0.5ml از نمونه ای که حداکثر محتوی 0.5mg پروتئین است , 2.5ml از محلول E اضافه می کنیم .
خوب مخلوط کرده و 10min صبر می کنیم .
سپس به آن 0.25ml از محلول F اضافه می کنیم .
خوب مخلوط کرده و 30min صبر می کنیم .
جذب نمونه را در 750nm بخوانید . ضمنا بلنک (blank) تشکیل شده از0.5ml آب مقطر که به آن مثل مراحل قبل 2.5ml محلول لوری اضافه شده است .

اندازه گیری پروتئین به روش بیوره (Biuret)

2009-10-14T22:37:00.009+03:30

برای درست کردن محلول بیوره باید 1.5g سولفات مس ( CuSO4.5H2O ) و .6.0g سدیم پتاسیم تارتارات را در 500ml آب مقطر حل نمود . سپس به آن 300ml سدیم هیدروکسید 10% (NaOH 10% w/v ) اضافه کرده , حجم آن را به 1lit می رسانیم . محلول را در ظرف پلاستیکی و در جای تاریک نگهداری نمایید .برای اینکه محلول را برای مدت زیادی نگهداری کنید , می توانید 1.0g پتاسیم یداید ( Potassium Iodide ) به آن اضافه کنید , تا مانع احیای مس شوید .برای 0.5ml از یک نمونه که ماکزیمم 3.0mg پروتئین داشته باشد , از 2.5ml محلول بیوره استفاده کنید . بعد از این کار باید 30min به آن فرصت دهید تا واکنش انجام شود .جذب نمونه را در 540nm بخوانید . ضمنا بلنک (blank) حاوی 0.5ml آب مقطر بعلاوه 2.5ml محلول بیوره می باشد .

جدول تهیه ژل الکتروفورز SDS-PAGE با درصدهای متفاوت

2009-10-07T07:57:00.005+03:30

ژل پایین (جدا کننده) یا Separating Gel :

ژل بالا (متراکم کننده) یا Stacking Gel :

a : معمولا acrylamide 29.2% بعلاوه N,N`-methylene-bis-acrylamide 0.8%
b : Sodium dodecyl sulfate
c : Ammonium persulfate
d : N,N,N`,N`-Tetramethylethylandiamine

محلولهای مورد نیاز برای SDS PAGE :

2009-10-01T13:31:00.002+03:30

محلول استوک آکریل آمید :
آکریل آمید : 73.0g
بیس آکریل آمید : 2.0g
مواد ذکر شده را در 250ml آب مقطر حل نمایید . این محلول در یک شیشه قهوه ای (تیره) و در دمای 4c هفته ها قابل استفاده می باشد .

استوک بافر ژل جدا کننده :SDS : 1.0g
تریس : 45.5g
مواد ذکر شده را در کمتر از 250ml آب مقطر حل نمایید . pH را به 8.8 برسانید . سپس حجم را به 250ml برسانید .این محلول در دمای 4c ماه ها قابل استفاده می باشد .

استوک بافر ژل متراکم کننده :SDS : 1.0g
تریس : 15.1g
مواد ذکر شده را در کمتر از 250ml آب مقطر حل نمایید . pH را به 6.8 برسانید . سپس حجم را به 250ml برسانید .این محلول در دمای 4c ماه ها قابل استفاده می باشد .

محلول استوک آمونیوم پر سولفات :
آمونیوم پر سولفات: 1.0g
ماده ذکر شده را در 10ml آب مقطر حل نمایید. این محلول در یک شیشه قهوه ای (تیره) و در دمای 4c ماه ها قابل استفاده می باشد .

بافر مخزن :
SDS : 2.0g
تریس : 6.0g
گلایسین : 28.8g
مواد ذکر شده را در کمتر از 2L آب مقطر حل نمایید . pH را به 8.3 برسانید . سپس حجم را به 2L برسانید .این محلول باید به صورت تازه مصرف شود .

استوک Sample بافر :SDS : 0.92g
تریس : 0.3g
گلیسرول : 4.0g
برومو فنول بلو : 0.1 % (w/v )
بتا – مرکاپتو اتانول : 2.0ml
مواد ذکر شده را در کمتر از 20ml آب مقطر حل نمایید . pH را به 6.8 برسانید . سپس حجم را به 20ml برسانید .این محلول در دمای 4c هفته ها قابل استفاده می باشد .

محلول رنگ آمیزی :کماسی بلو G-250 : 0.5g
متانول : 12.5ml
استیک اسید : 18.75ml
ابتدا رنگ را در متانول حل نمایید . سپس اسید استیک اضافه کنید و با آب مقطر به حجم 250ml برسانید .

محلول رنگ بر :
متانول : 100ml
استیک اسید : 100ml
آب مقطر : 800ml
محلول را به صورت تازه استفاده نمایید .

نجات زندگی

2009-09-21T11:56:00.001+04:30

Save Lives ...

زندگی ها را نجات دهید

It is important to always have ASPIRIN in the home!!!

داشتن آسپیرین در منزل همیشه مهّم است

Why have Aspirin by your bedside?

چرا باید آسپیرین را در کنار خود داشته باشید؟

ABOUT HEART ATTACKS

در بارهً حملهً قلبی

There are other symptoms of an heart attack besides the pain on the left arm. One must also be aware of an intense pain on the chin, as well as nausea and lots of sweating, however these symptoms may also occur.

علاوه بر احساس درد در بازوی چپ، علایم د یگری برای حملهً قلبی وجود دارند
درد شدید در چانه ، حالت تهوّع وتعریق زیاد نیز باید مورد توجّه قرار گیرد

NOTE : There may be no pain in the chest during an heart attack.

توجّه:

ممکن است در زمان حملهً قلبی هیچ دردی در قفسهً سینه احساس نشود

The majority of people (about 60%) who had an heart attack during their sleep, did not wake up. However, if it occurs, the chest pain may wake you up from your deep sleep.

حدود شصت در صد افراد که در خواب دچار حملهً قلبی شده اند هرگز بیدار نشده اند
هرچنداگرچنین اتفاقی رخ دهدممکن است درد قفسهً سینه فرد را از خواب عمیق بیدار کند

If that happens, IMMEDIATELY DISSOLVE TWO ASPIRINS IN YOUR MOUTH and swallow them with a bit of water.

دراینصورت بلافاصله دو عدد آسپیرین را در دهان خود حل کرده و بامقداری آب آنرا ببلعید

Afterwards, phone a neighbor or a family member who lives very close by and state "HEART ATTACK!!!" and that you have taken 2 ASPIRINS

سپس به یکی از همسایگان و یایکی از بستگان که محل سکونتش در فاصلهً بسیار نزدیک از شماست تلفن کرده وبگویید دچار حملهً قلبی شده و دو عدد آسپیرین مصرف کرده اید

Take a seat on a chair or sofa and wait for their arrival and ...

روی یک صندلی دسته داریا مبل بنشینید ومنتظر ورود آنها باشید و….

DO NOT LIE DOWN !!!

درازنکشید!!!

A Cardiologist has stated that, if each person, after receiving this e-mail, sends it to 10 people, probably a life can be saved

I have already shared the information! !! What about you?

Forward this message : IT MAY SAVE LIVES !!! !!!

بقول یک پزشک متخصّص قلب
اگراین ایمیل را برای ده نفربفرستید ممکن است جان یک نفررانجات دهید.
من این اطّلاعات رابه دیگران داده ام.شما چطور؟
این پیام را فورا وارد کنید: ممکن است جان هارانجات دهد!!!

استفاده و انتشار این پست برای همه بلامانع است .

مطالبی در مورد الکتروفورز

2009-09-15T11:36:00.016+04:30

SDS-PAGE تکنیکی است که در آن مولکولهای زیستی بر اساس اندازه جداسازی می شود . مولکولهایی چون انواع پروتئین ها , RNA , DNA .
ژل آگاروز برای درشت مولکولهایی مانند DNA بهترین گزینه است . SDS-PAGE برای پروتئین های کوچکتر بهتر است .

مواردی که SDS-PAGE کاربرد دارد عبارت است از :
۱- تصدیق اندازه پروتئین ها
۲- شناسایی پروتئین ها
۳- تعیین خلوص پروتئین ها
۴- شناسایی پیوند های دی سولفید
۵- کمیت و مقدار پروتئین ها
۶- آشکار کردن عیوب

SDS یک دترجنت و مخفف sodium dodecyl sulfate می باشد . بعد از اضافه کردن آن , و احاطه کردن پروتئین ها , پروتئین ها بار نسبتا همسان پیدا کرده و به صورت خطی در می آیند . بدین ترتیب جداسازی فقط بر اساس اندازه صورت می پذیرد . تعداد مولکولهای SDS متناسب با تعداد آمینواسیدهای یک پروتئین است . هر مولکول SDS 2 بار منفی به پروتئین می دهد . همچنین باعث می شود که نیرو هایی که در تا شدن و تغییر شکل دادن پروتئین ها شرکت می کنند , از بین بروند .

ژل پلی اکریل آمید همانند ژل آگاروز بر اساس اندازه مولکولها , جداسازی می کند . ژل اکریل آمید با پیوندهای عرضی که دارد , مکانی را برای الک کردن مولکولهایی که در اثر جریان الکتریکی در حال عبور می باشند , به وجود می آورد . همه پروتئین هایی که دارای بار منفی هستند , توسط انتهای میدان الکتریکی که دارای بار مثبت می باشد , کشیده می شود , اما شبکه پلیمری در برابر حرکت آنها مقاومت می کند . پروتئین های کوچکتر سریعتر از مولکولهای درشت تر در این شبکه , حرکت می کنند . در نتیجه از مولکولهای درشت تر پایین تر قرار می گیرند . پس جداسازی در روش SDS-PAGE فقط بر اساس اختلاف در اندازه مولکولها می باشد .

پس از اینکه ژل Run شد , شما احتیاج دارید که پروتئین ها را بر روی ژل فیکس کنید . تا پروتئین ها از جای خود حرکت نکند . اسید استیک 25% یک فیکس کننده خوب است و باعث دناتوره شدن پروتئین می گردد . ژل توسط یک رنگ مثل coomasie blue R250 رنگ می شود . رنگ و تثبیت کننده را می توان در یک محلول که حلال آن متانول است به طور همزمان استفاده کرد . رنگ در کل ژل پخش شده و با پروتئین ها کمپلکس می شود(staining) . سپس با یک محلول که حاوی اسید استیک و متانول است ژل شسته می شود تا رنگ از ژل خارج شود و فقط رنگی که با پروتئین ها باند شده است باقی بماند (destain).
بدون SDS , پروتئین با ساختمان اولیه خود و بدون تغییر بار جداسازی می شود , که در این روش جرم مولکولی و بار isoelectric در جداسازی تآثیر گذار است و این روش PAGE نام دارد . SDS تقریبا به نسبت 1.4g برای هر یک گرم پروتئین استفاده می شود .(این نسبت بین 1.1g الی 2.2g SDS برای هر گرم پروتئین تغییر می کند) .

اندازه منافذ SDS-Polyacrylamide Gel Electrophoresis :بیشتر پروتئین ها و نوکلوئیک اسیدها با اندازه و شکل های متفاوت دارای ضریب بار/جرم تقریبا یکسانی هستند . الکتروفورز این مولکولها در محیط مایع , باعث جداسازی مناسبی نمی شود . اما الکتروفورز در محیط ژل (سوسپانسیون نیمه جامد در آب) نتیجه بهتری می دهد . جداسازی پروتئین ها بطور معمول در ژلهای پلی اکریل آمید انجام می شود . این ژل ها توسط پلیمره شدن محلولی از مونومر اکریل آمید که قالب آن از دو شیشه تشکیل شده است , درست می شود . میزان درشتی و ریزی منفذهای پلیمر متناسب است با غلظت پلی اکریل آمید و عامل بوجود آورنده پیوند های عرضی. وقتی یک مخلوط از پروتئین در ژل و در میدان الکتریکی ایجاد شده قرار می گیرد , پروتئین های کوچکتر سریعتر از درشت مولکولها از میان منافذ ژل حرکت می کنند . میزان جابجایی به اندازه منافذ ژل و قدرت میدان الکتریکی بستگی دارد . پس مولکولهای کوچکتر راحت تر از منافذ عبور کرده , در حالی که درشت مولکولها به راحتی جابجا نمی شوند .

در این متد مخلوط پروتئین و SDS که یک دترجنت آنیونی است , توسط گرما با هم باند شده اند . لذا پروتئین ها دیگر ساختمان اولیه را ندارند و فاقد پیوندهای دی سولفید هستند .

ردیابی رنگ در الکتروفورز :رنگ به کار رفته در محلول پروتئین به آزمایش کننده این امکان را می دهد که متوجه شود پروسه چه میزان پیش رفته است و آیا مدت زمان جداسازی کافی بوده است یا خیر .

عناصر سازنده شیمیایی و نقش آنها :
اندازه مناذ را 2 فاکتور کنترل می کند . مقدار درصد acrylamide (T%) و مقدار پیوندهای عرضی (C%) . کل غلظت مونومر acrylamide-bisacrylamide = T و غلظت عامل پیوند دهنده عرضی = C . اندازه منافذ با افزایش T% کاهش می یابد و با عامل پیوند دهنده عرضی 5% کوچکترین اندازه منفذ را می دهد . هرگونه افزایش و یا کاهشی در C% باعث افزایش اندازه منفذ می شود , زیرا رابطه اندازه منفذ با C% یک رابطه پارابولیک (سهمی گونه) است . و مینیمم آن در 5% می باشد . دو لایه در ژل وجود دارد . یکی stacking و دیگری separating .

جدول خصوصیات و کاربردهای ژلهای کروماتوگرافی (ادامه پست قبلی )

2009-09-12T10:55:00.008+04:30

Superdex :
ترکیبی از پیوندهای عرضی بین آگاروز و دکستران . با رزولیشن بالا و زمان کوتاه در جداسازی و برگشت پذیری مناسب .

Superose :
پیوندهای عرضی بسیار زیاد بین مولکولهای آگاروز

Toyopearl HW :

Toyopearl ژل کروی نیمه سخت است و برای فشارهای متوسط و پایین در کروماتوگرافی مایع به کار می رود . ژل Toyopearl HW ترکیبی از پلیمر وینیل آبدوست می باشد , که شامل تعداد گروههای hydroxyl می باشد و از اتمهای C, H , Oساخته شده است . Toyopearl از نظر مکانیکی سخت است و برای جریانهای بالا استفاده می شود .

Ultrogel :دانه های آگاروز

جدول خصوصیات و کاربردهای ژلهای کروماتوگرافی

2009-09-06T08:11:00.010+04:30

Sephacryl :از پیوندهای عرضی بین آلیل دکستران و N,N’-methylenebisacrylamide تهیه می شوند .گرید HR دارای اندازه ذرات کوچکتری است . توزیع اپتیمم شده و جداسازی بهتر و جریان سریعترمی باشد .

Sephadex :دانه های ژل از پیوندهای عرضی دکستران و epichlorohydrin تهیه می شوند . در بسیاری از موارد در پروسه های صنعتی استفاده می شوند . همچنین در نمک زدایی و تعویض بافر سودمند است .

Sepharose :
دانه های آگاروز برای فرکشنه کردن مولکولهایی که دارای جرم مولکولی بالایی هستند استفاده می شوند . از پیوندهای عرضی بین ذرات آگاروز تشکیل شده است و دارای مقاومت بیشتری هستند . و بنابراین تطبیق پذیری زیادی در انتخاب بافرها و شوینده ها دارد . تقریب درصد غلظت آگاروز در اولین عدد شماره آن نمایش داده می شود .اغلب برای جفت کردن لیگاندهای افینیتی , یا جداسازی مولکولهای خیلی درشت و ذرات ویروس ها استفاده می شوند .

جدول محدوده جداسازی برای انواع ژلهای کروماتوگرافی

2009-09-01T04:15:00.015+04:30

ژل کروماتوگرافی , پروتئین ها , پپتیدها , و الیگونوکلئوتیدها را بر اساس اندازه جداسازی می نماید . مولکولها از میان بستری از خلل و فرج ذرات ژل حرکت و به اندازه های کوچکتر یا بزرگتر رتبه بندی می شوند . مولکولهای کوچکتر با هم در خلل و فرج ذرات ژل نفوذ کرده , از اینرو حرکت آنها کند تر است . در صورتیکه درشت مولکولها کمتر وارد آن شده سرعت آنها بیشتر است . هر دو عامل جرم مولکولی و شکل فضایی در مقدار نگهداری شرکت دارند . ژل فیلتراسیون در آنالیز اندازه مولکولی , جداسازی یک مخلوط نمونه و یا در نمک زدایی یا تعویض بافر در تهیه ماکرومولکولها , استفاده می شود .

محدوده جرم مولکولی برای ژلها :

اساس کروماتوگرافی و انواع آن

2009-08-27T02:15:00.033+04:30

اساس کروماتوگرافی :
اساس کروماتوگرافی بر اصول کلی پخش فاز بنیان نهاده شده است. به طور خلاصه، در این روش جریان یک فاز از داخل فاز ساکنی میگذرد و در این حال فاز ساکن اجزای آنرا به طور انتخابی خارج میکند. این خروج یک عمل تعادلی است و مولکولهای اجزاء دوباره داخل فاز متحرک میشوند. هنگامی که ثابت پخش دو یا چند جزء در این دو فاز با هم متفاوت باشند، اجزای موجود در فاز متحرک از هم تفکیک میشوند. به طور ساده میتوان گفت که هر چه فاز ساکن یک جزء را محکمتر نگه دارد، در صد مولکولهای جزئی که بی حرکت نگه داشته شده بیشتر میشود. جزء دیگری که با شدت کمتر نگه داشته میشود نسبت به جزء اول در فاز متحرک درصد مولکولی بیشتری خواهد داشت. بنابراین به طور متوسط مولکولهای جزئی که با شدت کمتر نگه داشته میشوند، نسبت به مولکولهای دیگر با سرعت بیشتری در حرکتند . در نتیجه جداسازی انجام می شود .
فاصله باندها به طور خطی به مسافتی که در ستون طی میشود بستگی دارد. به طور کلی هر چه مسافت طی شده بیشتر باشد، فاصله باندها زیادتر خواهد شد. یادآور میشود که اجزای مخلوط باید ضرایب پخش متفاوتی داشته باشند تا بتوان آنها را به کمک پخش فاز تفکیک کرد. در صورتی که این ضرایب به هم نزدیک باشند، اجزای مربوط فقط به طور جزئی به باندهای جداگانه تفکیک میشوند. البته میتوان طول مسیر را زیاد کرد و به اجزاء فرصت داد تا بیشتر از هم جدا شوند .

انواع آن :
کروماتوگرافی چهار نوع مهم دارد که بر اصول توصیف شده بالا متکی هستند . این انواع عبارتند از کروماتوگرافی گازی (کروماتوگرافی تفکیکی گاز مایع) ، کروماتوگرافی ستونی ، کروماتوگرافی لایه نازک (TLC) و کروماتوگرافی کاغذی .
ما در اینجا 4 نوع مهم از کروماتوگرافی ستونی , که از آنها برای جداسازی پروتئینها نیز استفاده می شوند نام برده و توضیح می دهیم .

1- کروماتوگرافي ژلی (Gel Filtration Chromatography)
2- کروماتوگرافي تبادل يوني (Ion Exchange Chromatography)
3- کروماتوگرافي افینیتی (Affinity Chromatography)
4- کروماتوگرافي جذب سطحی (Hydrophobic Chromatography)

کروماتوگرافي ژلي :
اين نوع کروماتوگرافي براي اولين بار در سال 1954 معرفي و در سال 1959 اصلاح شد . در اين روش , جداسازي‌هایي مبتني بر الک کردن مولکولي بر روي اجسام بي‌بار در جريان مهاجرت الکترو اسمزي از داخل ژل‌ها انجام مي‌شود . بدين ترتيب که جداسازي بر مبناي اندازه‌هاي نسبي مولکول ها انجام شده و از اصطلاح صاف کردن به وسيله ژل استفاده مي‌شود . ژل استفاده شده در اين روش بايد بي اثر و پايدار باشد . فاز ساکن از يک قالب متخلخل تشکيل شده که منفذهاي آن به وسيله حلالي که فاز متحرک را تشکيل داده پر شده است . از آنجا که اساس جداسازي بر اين است که مولکول‌هاي بزرگ تر از حد وارد سوراخ‌ها نشده و به ترتيب جرم مولکولي از ستون خارج شوند و مولکول‌هاي کوچک تر بر حسب شدت نفوذشان سوراخ ها را پر کنند پس اندازه سوراخ بسيار مهم است . همچنين گرانروي نمونه نيز اهميت زيادي دارد و نبايد از دو برابر گرانروي شوينده بيشتر باشد . از ديگر عوامل مهم حجم نمونه است بدين ترتيب که هر چه حجم نمونه کمتر باشد ، غلظت هر جزء در محلول خارج شده نيز کمتر خواهد بود . همچنین باندها شارپ تر خواهند شد . مثالی از این ژلها مانند خانواده Sephadex , خانواده Sephacryl
ژل فیلتراسیون یک روش ساده و قابل اطمینان , جهت جدا سازی مولکولها بر اساس سایز آنها می باشد , که برای جداسازی و تخلیص انواع مواد بیولوژیکی که به سهولت با روشهای دیگر امکان پذیر نیست , کاربرد دارد . جدا سازی در ژل فیلتراسیون به دو صورت رخ می دهد . جداسازی (separation) و جزء به جزء (fractionation) شدن . در گروه separation مولکولها به وسیله اختلاف زیاد در مولکولار سایزشان جدا می شوند . یک ماتریکس طوری مولکولها را انتخاب می کند که , مولکولهای درشت تر از میان حجم تهی ستون به اسانی و بدون درگیری شسته شود . در حقیقت مولکولهای کوچک تر در حجم کلی ستون نگه داشته می شوند . در گروه fractionation ماکرو مولکولها بر اساس اختلاف اندازه جدا می شوند . در این کارکرد , تمام اجزاء با اندازه های مولکولی متفاوت مطابق با دامنه جداسازی ژل , درگیر خواهند شد . کاربرد fractionation در ژل فیلتراسیون , تخلیص و تعیین جرم مولکولی پروتئین ها و پپتیدها و اسیدهای نوکلوئیک می باشد .
در حال حاضر ژل هایی مطرح شده اند که resolution بی مانند , در سرعت های بالا و مقاومتی بالا در مقابل فشار و PH دارند .

در زیر جداسازی یک نمونه محتوی پروتئین A با جرم مولکولی 290,000 , پروتئین B با جرم مولکولی 140,000 , serum albumin با جرم مولکولی 67,000 , ovalbumin با جرم مولکولی 43,000 , cytochrome c با جرم مولکولی 12,400 در یک ستون کروماتوگرافی که با fractionation range 15,000 - 150,000 Bio-Gel P-150 . پر شده است , ملاحظه می شود . وقتی که مخلوط پروتئین بر روی ستون گذاشته می شود . پروتئین A اول از همه شسته خواهد شد , زیرا جرم مولکولی آن از محدوده بالایی جداسازی ژل بیشتر است . بنابراین کلا درون خلل و فرج فاز ساکن نمی شود و در فضای خالی بین ذرات ژل (حجم تهی)(V0) ادامه مسیر می دهد . جرم مولکولی cytochrome c از محدوده پایینی جداسازی ژل کمتر است و به طور کامل با ژل درگیر می شود و آخر از همه شسته می شود . پروتئین های دیگر که اندکی درگیر می شوند , به ترتیب نزولی جرم مولکولی شسته خواهند شد .

Vr=V0+KVi

Vr حجم نگهداری پروتئین می باشد . V0 حجمی از فاز متحرک است که بین ذرات فاز ساکن اشغال کرده است (حجم تهی). Vi حجمی از فاز متحرک که درون خلل و فرج ذرات ژل اشغال کرده است (حجم درگیری). K ضریب تفکیک پروتئین است . (مقداری که هر پروتئین می تواند در خلل و فرج فاز ساکن نفوذ کند , که مقدار آن بین 1 و 0 است) . K در مخلوط پروتئینی بالا , برای پروتئین A برابر 0 می باشد .K=1 برای cytochrome c و برای سایر پروتئینهایی که در محدوده جداسازی این ژل است , K بین 0 و 1 می باشد .
ژل فیلتراسیون در جداسازی پروتئین ها بر اساس جرم مولکولی و همچنین برای تعویض بافر استفاده می شود . یک پروتئین حل شده در بافر سدیم استات دارای PH=4 می تواند در یک ستون ژل فیلتراسیون به تعادل رسیده با بافر Tris و PH=8 به کار برده شود . بافر Tris با PH=8 فاز متحرک است . پروتئین در داخل فاز متحرک , در جریان است و مولکولهای بسیار کوچکتر سدیم استات , کاملا درگیر با خلل و فرج ذرات ژل می باشند و نسبت به پروتئین با سرعت کمتری حرکت می کنند .

کروماتوگرافي تبادل يوني :
در اين روش بين فاز متحرک (محلول) و فاز ساکن (جامد) به صورت برگشت پذير يون مبادله مي‌شود . جامد تشکيل‌دهنده فاز ساکن رزين ناميده مي‌شود و پايداري مکانيکي و شيميايي و يکنواختي اندازه ذرات از خصوصيات آن‌ها است. قالب اين رزين‌ها بر پايه يک بسپار بزرگ (معمولا پلي استيرن) استوار است اما برخي از آن ها متکي بر اسيد متا اکريليک هستند ، رزين‌ها به دو نوع تعويض کننده آنيوني و کاتيوني تقسيم مي شوند . هر کدام از اين تعويض کننده‌ها به نوع بازي ضعيف و قوي و اسيدي ضعيف و قوي تقسيم مي‌شوند . مي‌توان اين روش را مانند کروماتوگرافي جذبي در نظر گرفت به گونه اي که رزين‌ها جايگزين جاذب شده باشند. رزين‌ها بايد داراي گروه‌هاي مبادله کننده تک عاملي باشند و درجه اتصالات عرضي کنترل شده داشته باشند . گستره اندازه ذرات نيز بايد تا آنجا که ممکن است کوچک باشد . با اين روش کروماتوگرافي مي‌توان محلول‌هاي رقيق را به خوبي جداسازي کرد .
کروماتوگرافی تعویض یونی بر پایه برهمکنش متقابل بار- بار بین پروتئینهای نمونه و مجموع بار رزینی که انتخاب شده , می باشد . کروماتوگرافی تعویض یونی به کاتیون اکس چنج کروماتوگرافی که بار مثبت یونها در آن با بار منفی رزین باند می شود وآنیون اکس چنج کروماتوگرافی که بار منفی یونها با جمع بارهای مثبت گروه وابسته به رزین باند می شود . یک مرتبه توسط محلول معین , ستون شسته می شود تا به تعادل برسد . این محلول , بافر آغازین نامیده می شود که باید قدرت یونی کمی داشته باشد . سپس با استفاده از بافر دومی که دارای شیب غلظتی است و به طور پیوسطه قدرت یونی آن بالا می رود , مولکولهای معین شسته می شوند . پیوسطه PH بافر شوینده اصلاح می شود و پروتئینی که بار آن با ماتریکس اثر متقابل ندارد , شسته می شود . اگر PH مورد نیاز برای run کردن نمونه را بدانید , می توانید نوع کروماتوگرافی تعویض یونی لازم برای منحنی توالی پروتئین را تعیین کنید . اگر در PH مورد نظر , بار پروتئین منفی است , از تعویض کننده بار منفی ( آنیون اکس چنج ) و اگر مثبت است , از تعویض کننده مثبت ( کاتیون اکس چنج ) استفاده کنید . در اکثر حالتها , ممکن است بهتر باشد که شرایطی را انتخاب کنیم که در آن شرایط پروتئین مورد نظر ما از میان ستون جریان یابد و سایر پروتئین های اضافه با ستون باند شوند . این سبک از باند شدن را جریان سراسری می نامند . این سبک برای آنیون اکس چنج بسیار خوب است . از این سبک می توان برای باند شدن اندوتوکسین و یا موادی که بار بسیار بالایی دارند و همزمان جریان پروتئین شما از میان ماتریکس مورد نظر , استفاده کرد .

آنیون اکس چنج کروماتوگرافی :بار خالص سطحی محلول ( پروتئین ها , اسیدهای نوکلوئیک , اندوتوکسین ) وقتی که باند می شوند ؛ منفی است . بنابراین برای باند شدن پروتئین ویژه ای باید , بالای نقطه ایزو الکتریک پوینت ( PI ) آن پروتئین باشیم . رزین های معمول برای آنیون اکس چنج کروماتوگرافی عبارتند از Q-resin و DEAE resin .

آنیون اکس چنج کروماتوگرافی عمدتا اولین کروماتوگرافی استفاده شده می باشد . به خاطر ظرفیت زیاد , ( این ماتریکس ها می توانند به 10 تا 100 mg پروتئین برای هر ml ژل باند شوند ) . و توانایی باند شدن و جداسازی اسید نوکلوئیک ها و لیپو پلی ساکاریدها از محلول اولیه . به طور نمونه AEC انجام شده در بافرهایی که PH آن بین 7 تا 10 است و جاری شدن یک گرادیانت از یک محلول که محتوی این بافر و محلول NaCl 1M است . نمک در محلول برای باند شدن با سطح ماتریکس در رقابت است و باعث رها شدن پروتئین هایی که باند شده اند می شود . از AEC در موارد زیر استفاده می شود : شستشوی اولیه نمونه آبکی , جدا کردن پروتئین از دیگر پروتئین ها , تغلیظ پروتئین و جدا کردن اندوتوکسینی که دارای بار منفی است از نمونه

کاتیون اکس چنج کروماتوگرافی :بار خالص سطحی محلول ( پروتئین ها , اسیدهای نوکلوئیک , اندوتوکسین ) وقتی که باند می شوند ؛ مثبت است . بنابراین برای باند شدن پروتئین ویژه ای باید , زیر نقطه ایزو الکتریک پوینت ( PI ) آن پروتئین باشیم . رزین های معمول برای کاتیون اکس چنج کروماتوگرافی عبارتند از S-resin و CM resin .

CEC در مقایسه با AEC کمتر معمول است . این به خاطر این است که اغلب پروتئین ها در PH های زیادی به این رزین نمی چسبند و میلی به تیتر شدن ندارند . با این وجود برای جداسازی اولیه , از نظر ظرفیت بالای آن , با AEC برابری می کند . به طور نمونه CEC انجام شده در بافرهایی که PH آن بین 4 تا 7 است و جاری شدن یک گرادیانت از یک محلول که محتوی این بافر و محلول NaCl 1M است. از CEC در موارد زیر استفاده می شود : شستشوی اولیه نمونه آبکی , جدا کردن پروتئین از دیگر پروتئین ها , تغلیظ پروتئین و گامی اولیه در تخلیص پروتئین های ویژه ای که تحت شرایط اسیدی هستند .

بافرهایی که در کروماتوگرافی آنیون اکس چنج مورد استفاده قرار می گیرد :

بافرهایی که در کروماتوگرافی کاتیون اکس چنج مورد استفاده قرار می گیرند :

سیستم AEC :Tris 20 mM ,PH=8.0 :بافر A
Tris 20 mM ,NaCl 1 M ,PH=8.0 :بافر B
1- ستون با بافر A به تعادل می رسد .
2- پروتئین(نمونه) دیالیز شده در بافر A به ستون می چسبد .
3- ستون توسط یک گرادیانت خطی که از 100% A تا 100% B تغییر می کند , شسته می شود .

سیستم CEC :sodium acetate 30 mM ,PH=4.5 :بافر A
sodium acetate 30 mM ,NaCl 1 M ,PH=4.5 :بافر B
1- ستون با بافر A به تعادل می رسد .
2- پروتئین(نمونه) دیالیز شده در بافر A به ستون می چسبد .
3- ستون توسط یک گرادیانت خطی که از 100% A تا 100% B تغییر می کند , شسته می شود .

سیستم AEC برای پروتئین هایی که انحلال پذیری کمی دارند یا PI خیلی بالایی دارند :
Ethanolamine 30 mM ,urea 8 M ,PH=10.0 :بافر A
Ethanolamine 30 mM ,urea 8 M ,NaCl 1 M ,PH=10.0 :بافر B

SOP تعین حجم تهی و حجم نهایی در کروماتوگرافی ژل فیلتراسیون

2009-08-21T02:10:00.003+04:30

هدف :
۱- تعین حجمی که پس از آن اولین پروتئین از ستون خارج می شود و همچنین حجمی که آخرین پروتئین از ستون خارج میشود
۲- امتحان کردن درستی packing ستون

کاربرد :
در کروماتوگرافی به روش ژل فیلتراسیون(غربالی) این روش کاربرد دارد .

مواد و تجهیزات :
۱- ستون ژل فیلتراسیون(غربالی)
۲- برومو فنول بلو 0.005 گرم
۳- دکستران بلو 0.05 گرم
۴- سرنگ cc 5
۵- فیلتر
۶- شیشه cc 5
۷- آب مقطر
۸- پیپت cc 2 یک عدد
۹- پیپتور
۱۰- بشر یا ارلن برای خروجی ستون
۱۱- پیپت cc 10 یک عدد
۱۲- ظرف و بافر جهت شستشوی ستون(با توجه به نمونه ای که بعدا کار می شود این بافر می تواند فرق کند )
۱۳- استوانه مدرج cc 250 ( با توجه به حجم ستون )

ملاحظات ایمنی :
برای جلوگیری از خطرات بیولوژیک , الرژیک و شیمیایی , پوشیدن روپوش و کفش و دستکش ضروری می باشد .

روش کار :
۱- 5 cc محلول رنگ حاوی ( دکستران بلو 1 درصد و برومو فنل بلو 0.1 درصد ) درست می کنیم .
۲- فیلتر را به سرنگ متصل می کنیم .
۳- محلول رنگ را فیلتر می کنیم .
۴- بافر روی سطح ژل داخل ستون را خالی می کنیم .
۵- یک الی دو cc از محلول رنگ را توسط پیپت cc 2 بر می داریم .
۶- به آرامی پیپت را درون ستون وارد می کنیم . طوری که نوک پیپت به نزدیک سطح ژل برسد .
۷- نوک پیپت را به جداره شیشه ستون می چسبانیم .
۸- به آرامی طوری که سطح ژل به هم نخورد , رنگ را خالی میکنیم و همزمان پیپت را دور تا دور شیشه ستون می چرخانیم ( نمونه گذاری ) .
۹- در زیر ستون یک ظرف ( ارلن یا بشر) قرار می دهیم .
۱۰- شیر خروجی ستون را باز می کنیم .
۱۱- زمانی که سطح رنگ به سطح ژل رسید , دوباره شیر خروجی را می بندیم .
۱۲- حال با یک پیپت تمیز حدود 1 الی 2 cc از بافر مورد نظر (بافرشستشو) را درست به همان طریق که رنگ را نمونه گذاری کرده اید , به ستون اضافه می کنید . ( هدف از این کار شستشوی شیشه داخلی ستون که آغشته به رنگ است , می باشد ).
۱۳- دوباره شیر خروجی ستون را باز می کنیم .
۱۴- زمانی که سطح بافر به سطح ژل رسید , دوباره شیر خروجی را می بندیم .
۱۵- مرحله 12 را دوباره تکرار می کنیم . اگر بافر روی سطح ژل الوده به رنگ نبود ,تا حدود 10 الی 15 سانتیمتر بالا تر از سطح ژل بافر اضافه می کنیم .
۱۶- ورودی ستون را به منبع بافر متصل می کنیم .
۱۷- شیر خروجی ستون را باز می کنیم . و می گذاریم که ستون کار کند .
۱۸- اولین قطره ای که از رنگ دکستران بلو( ابی رنگ ) خارج شد , شیر خروجی را می بندیم و حجم محلول داخل ظرف زیر ستون را توسط استوانه مدرج به دست می آوریم و یادداشت می نماییم .این حجم معرف حجم تهی ستون می باشد .
۱۹- ظرف خالی را زیر ستون گذاشته و شیر خروجی ستون را باز می کنیم و می گذاریم که ستون کار کند .
۲۰- آخرین قطره ای که از رنگ برومو فنل بلو( بنفش رنگ ) خارج شد , شیر خروجی را می بندیم و حجم محلول داخل ظرف زیر ستون را توسط استوانه مدرج به دست می آوریم و یادداشت مینماییم. این حجم بعلاوه حجم تهی , معرف حجم نهایی ستون می باشد .
۲۱- شیر خروجی ستون را باز می کنیم تا ستون کاملا شسته شود . هنگامی که ستون کاملا شسته شد , متوانیم شیر خروجی را ببندیم . ۲۲- با داشتن حجم تهی و حجم نهایی می توانیم که اولین نمونه پروتئین را بعدا نمونه گذاری کنیم .
۲۳- یک برچسب که مشخصات ستون روی آن ثبت شده است , روی ستون می چسبانیم . مشخصاتی همچمون نوع ژل , ارتفاع ستون , نام شخص , تاریخ پر کردن , حجم تهی , حجم نهایی

نکته :
اگر در طی کار کردن ستون متوجه شدیم که رنگ از یک مسیر بیشتر جریان دارد ( شیار ادٌی) , یعنی اینکه ستون خوب pack نشده است و باید ستون دوباره pack شود .

گزارش :
۱- مشخصات ستون را به صورت برچسب روی ستون نصب می کنیم .
۲- گزارش تهیه ستون و حجمهای تهی و نهایی را در دفتر کارهای روزمره آزمایشگاه ثبت می کنیم .

SOP تهیه نمونه برای انواع کروماتوگرافی

2009-08-19T02:02:00.003+04:30

هدف :
تهیه نمونه جهت بردن روی ستون کروماتوگرافی ( نمونه گذاری ) بدون اینکه به ژل ستون کروماتوگرافی آسیب زده شود .

کاربرد :
برای نمونه گذاری روی ستون های کروماتوگرافی محتوی انواع ژل های مختلف

مواد و تجهیزات :
۱- سانتریفوژ
۲- لوله های مخصوص سانتریفوژ
۳- فیلتر مناسب
۴- سرنگ
۵- PH متر
۶- ترازو
۷- استوانه مدرج
۸- مواد شیمیایی ( متناسب با نوع بافر شستشو مواد شیمیایی متغیر است ) .

ملاحظات ایمنی :
۱- برای جلوگیری از خطرات بیولوژیک , الرژیک و شیمیایی , پوشیدن روپوش و کفش و دستکش ضروری می باشد .
۲- برای جلوگیری از خراب شدن سانتریفوژ و یا بروز خطر , قبل از سانتریفوژ کردن , باید لوله های حاوی نمونه دو به دو هم وزن باشند .

روش کار :
۱- ابتدا با توجه به نوع بافر شستشو باید Sample بافری از همان نوع , اما با غلظت 2 برابر تهیه می کنید .
۲- PH و دمای سمپل بافر را با PH و دمای بافر شستشو , یکسان تنظیم می کنیم .
۳- حجم نمونه خود را با استوانه مدرج اندازه بگیرید .
۴- به اندازه حجم نمونه , از سمپل بافر به آن اضافه می کنیم .( باید دمای سمپل بافر و نمونه یک اندازه باشد ) .
۵- PH را چک می نماییم . اگرPH تغییر کرد , PH را دوباره تنظیم می کنیم.
۶- اگر نمونه دارای ذرات معلق زیادی باشد , می توان نمونه را به مدت 15 دقیقه و 3000 دور سانتریفوژ کرد .
۷- سپس نمونه را توسط فیلتر و سرنگ فیلتر می کنیم .
۸- دوباره PH را چک می نماییم . اگرPH تغییر کرد , PH را دوباره تنظیم می کنیم.
۹- حال اگر نمونه ذرات معلق نداشته باشد , نمونه آماده نمونه گذاری بر روی ستون می باشد .

نکته :
برای اینکه نمونه بر روی ژل رسوب نکند , باید به موارد زیر دقت کرد .
۱- باید جنس بافر نمونه با جنس بافر شستشو یکسان باشد .
۲- باید PH نمونه با PH بافر شستشو یکسان باشد .
۳- باید دمای نمونه با دمای بافر شستشو یکسان باشد .
۴- باید نمونه عاری از هرگونه ذرات معلق باشد .
۵- برای یکسان سازی نمونه و بافر شستشو از دیالیز نیز می توان استفاده کرد .

گزارش :
۱- بر روی ظرف نمونه مشخصات آن را قید می کنیم ( تاریخ , نام شخص , مواد متشکله و PH).
۲- گزارش تهیه نمونه را در دفتر کارهای روزمره آزمایشگاه ثبت می کنیم .

SOP طریقه مناسب نمونه گذاری در ستون های کروماتوگرافی

2009-08-14T09:40:00.003+04:30

هدف :

طریقه مناسب وارد کردن نمونه ( نمونه گذاری ) درانواع ستونهای کروماتوگرافی جهت جداسازی پروتئین های نمونه .

کاربرد :

درهمه انواع کروماتوگرافی کاربرد دارد .

مواد و تجهیزات :

۱- ستون کروماتوگرافی همراه ظرف حاوی بافر شستشو و شیلنگ های مرتبط

۲- پیپت cc 2 دو عدد

۳- پیپت cc 10 یک عدد

۴- پیپت مناسب با حجم نمونه

۵- پیپتور

۶- ارلن یا بشر

ملاحظات ایمنی :

برای جلوگیری از خطرات بیولوژیک , الرژیک و شیمیایی , پوشیدن روپوش و کفش و دستکش ضروری می باشد .

روش کار :

۱- بافر روی سطح ژل داخل ستون را خالی می کنیم .

۲- cc1 الی cc2 از نمونه را توسط پیپت cc2 بر می داریم .

۳- به آرامی پیپت را درون ستون وارد می کنیم . طوری که نوک پیپت به نزدیک سطح ژل برسد .

۴- نوک پیپت را به جداره شیشه ستون می چسبانیم .

۵- به آرامی طوری که سطح ژل به هم نخورد , نمونه را خالی میکنیم و همزمان پیپت را دور تا دور شیشه ستون می چرخانیم , سپس می توانیم بقیه نمونه را با پیپت مناسب به آرامی به آن اضافه کنیم . ( نمونه گذاری ) .

۶- در زیر ستون یک ظرف ( ارلن یا بشر) قرار می دهیم .

۷- شیر خروجی ستون را باز می کنیم .

۸- زمانی که سطح نمونه به سطح ژل رسید , دوباره شیر خروجی را می بندیم .

۹- حال با یک پیپت cc2 تمیز حدود cc1 الی 2cc از بافر مورد نظر ( بافرشستشو ) را درست به همان طریق که نمونه را نمونه گذاری کرده اید , به ستون اضافه می کنید . ( هدف از این کار شستشوی شیشه داخلی ستون که آغشته به نمونه است , می باشد ).

۱۰- دوباره شیر خروجی ستون را باز می کنیم .

۱۱- زمانی که سطح بافر به سطح ژل رسید , دوباره شیر خروجی را می بندیم .

۱۲- مرحله 9 را دوباره تکرار می کنیم . اگر بافر روی سطح ژل الوده به نمونه نبود , توسط پیپت 10cc , تا حدود 10 الی 15 سانتیمتر بالا تر از سطح ژل بافر اضافه می کنیم .

۱۳- ورودی ستون را به منبع بافرشستشو متصل می کنیم .وخروجی ستون را باز می کنیم . .(Run)

نکته :

۱- مراحل 1 الی 11 جزء مرحله نمونه گذاری می باشد .

۲- 12 الی 13 جزء مرحله run نمونه می باشد .

۳- حجم نمونه ای که می توان روی ستون های ژل کروماتوگرافی (کروماتوگرافی غربالی ) نمونه گذاری کرد , 5% الی 10% حجم ژل می باشد . ( 5% ایده آل است ) .

۴- حجم نمونه ای که می توان روی ستون های Ion Exchange و Affinity نمونه گذاری کرد , بستگی به ظرفیت جذب آنها دارد .

گزارش :

۱- گزارش کار را در دفتر کارهای روزمره آزمایشگاه ثبت می کنیم .

SOP تهیه و آماده سازی ژل های Sephadex از پودر آن

2009-08-10T01:07:00.008+04:30

هدف :
آماده سازی ژل های Sephadex از پودر آن , جهت آماده کردن ستون کروماتوگرافی

کاربرد :
این دستورالعمل در مواردی که برای تهیه و آماده سازی ستون کروماتوگرافی ژل آماده وجود ندارد , استفاده میشود .

مواد و تجهیزات :
۱- ارلن تخلیه 2 عدد
۲- شیلنگ سیلیکون 2 عدد
۳- درب لاستیکی متناسب با دهنه ارلن تخلیه شماره 1
۴- درب لاستیکی سوراخ دار متناسب با دهنه ارلن تخلیه شماره 2
۵- ترازو
۶- پودر ژل Sephadex
۷- اب مقطر
۸- پمپ خلأ
۹- بن ماری
۱۰- ارلن یا بشر متناسب با حجم مورد نیاز ژل

ملاحظات ایمنی :
۱- برای جلوگیری از خطرات بیولوژیک , الرژیک و شیمیایی , پوشیدن روپوش و کفش و دستکش ضروری می باشد .
۲- از سالم و بدون ترک بودن ارلن تخلیه مطمئن شویم .

روش کار :
۱- پودر ژل مورد نیاز را توزین نمایید .
۲- اب مقطر ( به اندازه سه برابر ژل مورد نیاز) را در بشر یا ارلن بریزید .
۳- پودر ژل را به آرامی داخل بشر , روی اب مقطر اضافه کنید .
۴- یک تا دو ساعت اجازه بدهید ژل خیس بخورد .
۵- بشر حاوی ژل را در بن ماری بگذارید .
۶- بن ماری را روی 80 درجه سانتیگراد تنظیم نمایید .
۷- دو الی سه ساعت در این حالت بماند .
۸- ژل داخل بشر یا ارلن را به ارامی به هم بزنید .(ژل را به وسیله چرخش ظرف به هم بزنید,زیرا ذرات ژل بسیار شکننده می باشد .)
۹- اجازه دهید کمی ژل ته نشین شود .
۱۰- ذرات کوچکتر ژل که احیانا شکسته شده اند در این مرحله به علت کوچکی اندازه دیرتر رسوب می کنند . سعی کنید محلول روی ژل را که حاوی این ذرات می باشند , از ظرف به بیرون بریزید .
۱۱- مراحل 8 الی 10 را سه بار انجام دهید .
۱۲- خیلی اهسته ژل و محلول روی آن را به درون ارلن تخلیه شماره 1 انتقال دهید .
۱۳- درپوش لاستیکی را به دهنه ارلن تخلیه شماره 1 بزنید .
۱۴- یک طرف شیلنگ سیلیکون را به خروجی ارلن تخلیه شماره 1 و سر دیگر آن را به درپوش لاستیکی سوراخ دار محکم نمایید . و درپوش را در دهنه ارلن تخلیه شماره 2 محکم نمایید .
۱۵- شیلنگ دوم را به خروجی ارلن تخلیه شماره 2 متصل نموده , سر دیگر آن را به پمپ خلأ وصل نمایید .
۱۶- پمپ را جهت بیرون بردن هوای داخل منافذ ژل و همچنین محلول روشن نمایید .
۱۷- ابتدای این کار خروج هوا خیلی زیاد است و کم کم خروج هوا کمتر می شود .
۱۸- تا جایی که قل قل کردن آن کم شود , این کار را ادامه دهید .
۱۹- حال ژل آماده است تا آن را وارد ستون کروماتوگرافی کنیم .

نکته :
۱- جهت نگهداری ژل آماده در یخچال به صورت طولانی در ظرف یا در ستون از محلول مرتیولات یا سدیم آزاید ( ضد میکروب) 0.01 درصد استفاده نمایید .
۲- حتما روی ظرف ژل , تاریخ تهیه ژل , نوع ژل , مقدار ضد میکروب , سازنده , حجم ژل را قید نمایید .

گزارش :
۱- مشخصات ژل را به صورت برچسب روی ظرف ژل نصب می کنیم .
۲- گزارش تهیه ژل را در دفتر کارهای روزمره آزمایشگاه ثبت می کنیم .

SOP آماده سازی و ساخت یک ستون کروماتوگرافی دست ساز

2009-08-07T22:25:00.011+04:30

هدف :
آماده سازی و ساخت یک ستون کروماتوگرافی برای جداسازی پروتئین ها , که ژل مناسب بعدا در آن pack خواهد شد .

کاربرد :

کاربرد در کلیه روش های کروماتوگرافی .

مواد و تجهیزات :۱- لوله ای شیشه ای که انتهای آن به صورت قیف است ( خروجی ) و ورودی آن کمی گشاد شده است . ( باید طول شیشه و قطر شیشه متناسب با حجم ژل باشد )
۲- 5 cm شیلنگ متناسب با خروجی ستون .
۳- گیره برای بستن خروجی .
۴- پایه ستون .
۵- گیره برای نصب ستون روی پایه .
۶- پشم شیشه .
۷- لوله شیشه ای نازک به قطر تقریبی cm0.5 الی cm0.7 (طوری که به راحتی داخل ستون شود ) و طولی بلند تر از طول ستون . ۸- درپوش لاستیکی سوراخ دار برای ورودی ستون .
۹- 2 عدد سرسمپلر کوچک (زرد رنگ 100 لاندا)
۱۰- شیلنگ به طول یک متر.
۱۱- یک لوله نازک به طول 10 cm و قطر متناسب با شیلنگ یک متری .

ملاحظات ایمنی :
برای جلوگیری از خطرات بیولوژیک , الرژیک و شیمیایی , پوشیدن روپوش و کفش و دستکش ضروری می باشد .

روش کار :
۱- ستون را به وسیله آب مقطر و سپس استون شستشو دهید .
۲- مقداری پشم شیشه را توسط آب مقطر خیس کرده وارد ستون می کنید .
۳- توسط لوله نازک پشم شیشه را به انتهای ستون رانده ,در حین اینکه پشم شیشه را به انتهای ستون می کو بانید , همزمان ستون را بچرخانید . تا پشم شیشه یک نواخت در انتهای ستون فشرده شود
۴- حال مقداری آب مقطر درون ستون بریزید , تا ذرات خرد شده پشم شیشه را با آن خارج کنید .
۵- مراحل 3 الی 4 را 3 مرتبه تکرارکنید . تا پشم شیشه کاملا فشرده شده و سطح آن یکنواخت شود .
۶- ستون را توسط گیره به پایه ستون متصل نمایید .
۷- حال شیلنگ 5cm را به خروجی ستون وصل کنید .
۸- یکی از سرسمپلر ها را به شیلنگ 5cm وصل کنید . طوری که از نوک آن بعدا بتوان برای وصل کردن به شیلنگ پمپ پریستالتیک استفاده کرد .
۹- شیلنگ خروجی ستون را توسط گیره ببندید . و کمی اب درون ستون بریزید تا پشم شیشه خشک نشود .
۱۰- سرسمپلر دیگر را وارد سوراخ درپوش لاستیکی کرده و نوک آن را درون شیلنگ یک متری محکم نمایید . و درب لاستیکی را داخل ورودی ستون کنید .
۱۱- سر دیگر شیلنگ یک متری را به لوله 10 cm وصل می نماییم .( این لوله ورودی در ظرف بافر قرار خواهد گرفت ) .

گزارش :گزارش تهیه ستون را در دفتر کارهای روزمره آزمایشگاه ثبت می کنیم .

نظرات و مشکلات

2009-08-01T19:39:00.008+04:30

این وبلاگ شما را در رابطه با طرحهای تخلیص پروتئین یاری خواهد کرد . مواردی

چون آموزش ؛ مشاوره و مشارکت در طرحهای تحقیقی و تولیدی و پایان نامه های

دانشجویی

متآسفانه در اکثر سایتها و وبلاگها فقط به کلیات اشاره شده است و اکثرا کپی برداری بوده و هیچ اثری از عملیاتی شدن کارها به چشم نمی خورد . ما بر آنیم که در این سایت شما را با روشهای جداسازی پروتئین آشنا کنیم . روشهایی همچون انواع اندازه گیری پروتئین ها , انواع کروماتوگرافی , انواع الکتروفورز و روشهای تخلیص پروتئین . ما در آموزش حداکثر توان خود را به کار خواهیم بست . آموزش های خود را در قالب SOP خواهیم داد .البته این آموزشها برای کسانی سودمند خواهد بود که رشته تحصیلی آنها مرتبط باشد . زیرا انجام یک پروسه تخلیص , علم و تجربه آن را خواهد طلبید . گمان نشود که با اندکی اطلاعات بتوان یک پروسه تخلیص را به پیش برد . ما در پروسه های تخلیص پروتئین با بیش از 6 سال تجربه و مشارکت با شرکت ها و مؤسسه های مختلف و با کوله باری از تجربه کنار شما خواهیم بود . در امر آموزش , مشاوره و شرکت در طرحهای تحقیقاتی و تولیدی و پایان نامه های دانشجویی شما را یاریتان می نماییم .

ما بر آنیم که این سایت را منبعی از اطلاعات به روزگردانیم , تا کاربران بتوانند از اطلاعات و مقالات آن استفاده نمایند .
همچنین از مقالات جدید شما دوستان فرهیخته و دانشجویان گرامی پس از بررسی مطالب آن , با ذکر نام فرد و یا گروه , با حفظ حقوق مادی و معنوی آن , استفاده خواهیم کرد و بهترین مقالات و مطالب علمی را معرفی خواهیم نمود.

شماره تلفن ۰۹۱۲۵۶۷۱۰۴۳ جهت مشاوره با ما

همچنین در این بخش می توانید نظرات و مشکلات و مقالات خود را ارسال نمایید .

در ضمن پیشاپیش از کمک و همراهی شما عزیزان در رابطه با هر چه بهتر شدن مطالب تشکر می نماییم .